IMES-2 РНК-мотив - IMES-2 RNA motif

Консенсусная вторичная структура РНК IMES-2. Этот рисунок взят из дополнительных данных предыдущей публикации.[1]
Предсказанная вторичная структура РНК IMES-2 в альфа-протеобактерии HIMB114. Нуклеотиды нумеруются, начиная с 5'-конца. Строки с меткой «0 н.» Не содержат нуклеотидов.

В IMES-2 РНК-мотив консервированный РНК структура, которая была идентифицирована исследованием на основе метагеномика и биоинформатика,[1] и лежащие в основе последовательности РНК были идентифицированы независимо в аналогичном более раннем исследовании.[2] Эти РНК присутствует в экологических последовательностях, и при обнаружении не было известно, что они присутствуют в каких-либо культурных разновидность. Однако РНК IMES-2 была обнаружена в альфа-протеобактерии HIMB114, который классифицируется в SAR11 клады из морские бактерии. Этот вывод согласуется с более ранними прогнозами о том, что виды, которые используют РНК IMES-2, наиболее тесно связаны с альфапротеобактерии.[2] РНК IMES-2 исключительно многочисленны, поскольку было обнаружено в два раза больше РНК IMES-2, чем рибосомы[1] в РНК, взятых из Тихий океан.[2][3] Известны только две бактериальные РНК (6S РНК и переносить РНК ) быть более транскрибируемыми, чем рибосомы.

Вторичная структура РНК IMES-2 содержит четыре стебель-петля структуры и один псевдоузел.

Рекомендации

  1. ^ а б c Вайнберг З., Перро Дж., Мейер М.М., Брейкер Р.Р. (декабрь 2009 г.). «Исключительные структурированные некодирующие РНК, выявленные с помощью анализа бактериального метагенома». Природа. 462 (7273): 656–659. Дои:10.1038 / природа08586. ЧВК  4140389. PMID  19956260.
  2. ^ а б c Ши Ю., Тайсон Г. В., Делонг Е. Ф. (май 2009 г.). «Метатранскриптомика обнаруживает уникальные микробные малые РНК в толще воды океана». Природа. 459 (7244): 266–269. Дои:10.1038 / природа08055. PMID  19444216.
  3. ^ Фриас-Лопес Дж., Ши Й., Тайсон Г.В. и др. (Март 2008 г.). «Экспрессия генов микробного сообщества в поверхностных водах океана». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 105 (10): 3805–3810. Дои:10.1073 / pnas.0708897105. ЧВК  2268829. PMID  18316740.