График гидрофильности - Hydrophilicity plot
 | Эта статья нужны дополнительные цитаты для проверка. (Сентябрь 2014 г.) (Узнайте, как и когда удалить этот шаблон сообщения) |
А график гидрофильности это количественный анализ степени гидрофобность или же гидрофильность из аминокислоты из белок. Он используется для характеристики или идентификации возможной структуры или доменов белка.
На графике нанесена аминокислотная последовательность белка. ось абсцисс, а также степень гидрофобности и гидрофильности на его ось Y. Существует ряд методов для измерения степени взаимодействия полярные растворители например, вода с определенными аминокислотами. Например, Шкала Кайта-Дулитла указывает на гидрофобные аминокислоты, тогда как Шкала Хоппа-Вудса измеряет гидрофильные остатки.
Анализ формы графика дает информацию о частичной структуре белка. Например, если участок примерно из 20 аминокислот показывает положительную гидрофобность, эти аминокислоты могут быть частью альфа-спираль охватывающий липидный бислой, который состоит из гидрофобных жирных кислот. Напротив, аминокислоты с высокой гидрофильностью указывают на то, что эти остатки находятся в контакте с растворителем или водой и, следовательно, они, вероятно, будут находиться на внешней поверхности белка.
| Аминокислота | Однобуквенный код | Оценка гидропатии |
|---|---|---|
| Изолейцин | я | 4.5 |
| Валин | V | 4.2 |
| Лейцин | L | 3.8 |
| Фенилаланин | F | 2.8 |
| Цистеин | C | 2.5 |
| Метионин | M | 1.9 |
| Аланин | А | 1.8 |
| Глицин | грамм | -0.4 |
| Треонин | Т | -0.7 |
| Серин | S | -0.8 |
| Триптофан | W | -0.9 |
| Тирозин | Y | -1.3 |
| Пролин | п | -1.6 |
| Гистидин | ЧАС | -3.2 |
| Глютаминовая кислота | E | -3.5 |
| Глутамин | Q | -3.5 |
| Аспарагиновая кислота | D | -3.5 |
| Аспарагин | N | -3.5 |
| Лизин | K | -3.9 |
| Аргинин | р | -4.5 |
Данные в приведенной выше таблице были получены с использованием компьютерной программы, которая оценивает среднюю гидрофобность сегментов в пределах белка и использует данные, собранные из литературы.
Рекомендации
- ^ Kyte, J; Дулиттл, Р. Ф. (1982). «Простой метод отображения гидропатического характера протеина». Журнал молекулярной биологии. 157 (1): 105–32. CiteSeerX 10.1.1.458.454. Дои:10.1016/0022-2836(82)90515-0. PMID 7108955.