График гидрофильности - Hydrophilicity plot

А график гидрофильности это количественный анализ степени гидрофобность или же гидрофильность из аминокислоты из белок. Он используется для характеристики или идентификации возможной структуры или доменов белка.

На графике нанесена аминокислотная последовательность белка. ось абсцисс, а также степень гидрофобности и гидрофильности на его ось Y. Существует ряд методов для измерения степени взаимодействия полярные растворители например, вода с определенными аминокислотами. Например, Шкала Кайта-Дулитла указывает на гидрофобные аминокислоты, тогда как Шкала Хоппа-Вудса измеряет гидрофильные остатки.

Анализ формы графика дает информацию о частичной структуре белка. Например, если участок примерно из 20 аминокислот показывает положительную гидрофобность, эти аминокислоты могут быть частью альфа-спираль охватывающий липидный бислой, который состоит из гидрофобных жирных кислот. Напротив, аминокислоты с высокой гидрофильностью указывают на то, что эти остатки находятся в контакте с растворителем или водой и, следовательно, они, вероятно, будут находиться на внешней поверхности белка.

Заговор Кайта-Дулитла-гидропатии для протоонкогена человека RET. График был создан с помощью инструмента ExPASy Protscale (http://web.expasy.org/protscale/ ).
График Хоппа-Вудса-гидропатии для протоонкогена человека RET. График был создан с помощью инструмента ExPASy Protscale (http://web.expasy.org/protscale/ ).
Показатели аминокислотной гидропатии [1]
АминокислотаОднобуквенный кодОценка гидропатии
Изолейциня4.5
ВалинV4.2
ЛейцинL3.8
ФенилаланинF2.8
ЦистеинC2.5
МетионинM1.9
АланинА1.8
Глицинграмм-0.4
ТреонинТ-0.7
СеринS-0.8
ТриптофанW-0.9
ТирозинY-1.3
Пролинп-1.6
ГистидинЧАС-3.2
Глютаминовая кислотаE-3.5
ГлутаминQ-3.5
Аспарагиновая кислотаD-3.5
АспарагинN-3.5
ЛизинK-3.9
Аргининр-4.5

Данные в приведенной выше таблице были получены с использованием компьютерной программы, которая оценивает среднюю гидрофобность сегментов в пределах белка и использует данные, собранные из литературы.

Рекомендации

  1. ^ Kyte, J; Дулиттл, Р. Ф. (1982). «Простой метод отображения гидропатического характера протеина». Журнал молекулярной биологии. 157 (1): 105–32. CiteSeerX  10.1.1.458.454. Дои:10.1016/0022-2836(82)90515-0. PMID  7108955.

внешняя ссылка