Гетеродуплексный анализ - Heteroduplex analysis

Гетеродуплексы и гомодуплексы, образованные после амплификации и повторного отжига аллелей дикого типа и мутантных аллелей

Гетеродуплексный анализ (HDA) - метод в биохимия используется для обнаружения точечные мутации в ДНК с 1992 г.[1] Гетеродуплексы находятся дцДНК молекулы у которых есть одна или несколько несовпадающих пар, с другой стороны гомодуплексы дцДНК, которые идеально спарены.[1][2] Этот метод анализа зависит от того факта, что гетеродуплексы демонстрируют пониженную подвижность по сравнению с гомодуплексной ДНК.[3] гетеродуплексы образуются между разными аллелями ДНК.[4] В смеси амплифицированной ДНК дикого типа и мутантной амплифицированной ДНК гетеродуплексы образуются в мутантных аллелях, а гомодуплексы образуются в аллелях дикого типа.[5] Существует два типа гетеродуплексов в зависимости от типа и степени мутации в ДНК. Небольшие делеции или вставки создают гетеродуплексы выпуклого типа, которые стабильны и проверяются с помощью электронного микроскопа.[6] Замены одного основания создают более нестабильные гетеродуплексы, называемые гетеродуплексами пузырькового типа, из-за низкой стабильности их трудно визуализировать с помощью электронной микроскопии.[5] HDA широко используется для быстрого скрининга мутации делеции 3 bp p.F508del в гене CFTR.[6]

Рекомендации

  1. ^ а б Дж. Уоллес, Эндрю (2002). «SSCP / Гетеродуплексный анализ». В D. M. Theophilus, Bimal; Рэпли, Ральф (ред.). Протоколы обнаружения мутаций ПЦР. Тотова, Нью-Джерси: Humana Press, Тотова, Нью-Джерси. стр.151 - 164. ISBN  0896036170.
  2. ^ Главач, Дамьян; Дин, Майкл (1996), Пфайфер, Герд П. (редактор), «Гетеродуплексный анализ», Технологии обнаружения повреждений ДНК и мутаций, Springer, США, стр. 241–251, Дои:10.1007/978-1-4899-0301-3_18, ISBN  978-1-4899-0301-3
  3. ^ Ф. Эль-Язби, Амира; Вонг, Алиша; Р. Лоппнов, Глен (2017). «Люминесцентный зонд гибридизации несовпадающих ДНК: расположение и количество несовпадений». Analytica Chimica Acta. 994: 92–99. Дои:10.1002 / 0471142905.hg0703s33. PMID  18428333. S2CID  23375627.
  4. ^ Уайт, Марга Белль; Карвалью, Магда; Дерс, Дэвид; О'Брайен, Стивен Дж .; Дин, Майкл (1992-02-01). «Обнаружение замены одного основания как гетеродуплексного полиморфизма». Геномика. 12 (2): 301–306. Дои:10.1016/0888-7543(92)90377-5. ISSN  0888-7543. PMID  1740339.
  5. ^ а б Menounos, Panayiotis G .; Патринос, Джордж П. (01.01.2010), Патринос, Джордж П.; Ансорге, Вильгельм Дж. (Ред.), «Глава 4 - Обнаружение мутаций с помощью однонитевого конформационного полиморфизма и гетеродуплексного анализа», Молекулярная диагностика (второе издание), Academic Press, стр. 45–58, Дои:10.1016 / b978-0-12-374537-8.00004-3, ISBN  978-0-12-374537-8, получено 2019-12-02
  6. ^ а б Wang, Y.H .; Barker, P .; Гриффит, Дж. (1992-03-05). «Визуализация диагностических гетеродуплексных ДНК гетерозигот с делецией муковисцидоза позволяет оценить изгиб ДНК выпуклыми основаниями». Журнал биологической химии. 267 (7): 4911–4915. ISSN  0021-9258. PMID  1537869.