Консорциум геномных стандартов - Genomic Standards Consortium
В Консорциум геномных стандартов (GSC) - это инициатива, направленная на более подробное описание нашей коллекции геномов, метагеномы и маркерные гены. Это международное сообщество, созданное в сентябре 2005 г., включает в себя представителей целого ряда основных последовательность действий и биоинформатика центры (в том числе NCBI, EMBL, DDBJ, JCVI, JGI, EBI, Sanger, ФИГ) и исследовательских институтов. Цель GSC - продвигать механизмы стандартизации описания (мета) геномов, включая обмен и интеграцию (мета) геномных данных. Число и темпы проектов геномного и метагеномного секвенирования будут только расти, поскольку использование сверхвысокопроизводительных методов станет обычным явлением, а стандарты жизненно важны для научного прогресса и обмен данными.
Миссия
Стандарты, определяемые сообществом, имеют наибольшие шансы на успех, если они разрабатываются под эгидой международных рабочих групп. Участниками GSC являются биологи, специалисты по информатике, те, кто создает геномные базы данных и проводит крупномасштабный сравнительный геномный анализ, а также те, кто имеет опыт создания стандартов на уровне сообществ. Миссия GSC - работать с более широким сообществом в целях:
- внедрение новых геномных стандартов
- методы сбора и обмена метаданными
- гармонизация усилий по сбору и анализу метаданных в более широком сообществе геномиков
MIGS / MIMS / MIMARKS и другие проекты
GSC опубликовал спецификацию «Минимальная информация о последовательности (мета) генома» и теперь завершил спецификацию «Минимальная информация о последовательности окружающей среды». MIGS / MIMS / MIMARKS обеспечивает расширение минимальной информации, уже полученной первичными архивами нуклеотидных последовательностей (INSDC или DDBJ / ENA / GenBank). Разработка любого контрольного списка должна быть открытым и повторяющимся процессом, в котором участвует сбалансированная группа участников. Кроме того, этот процесс разработки должен поддерживаться предоставлением механизмов для достижения соответствия, если контрольный список должен быть принят в качестве инструмента для стандартизации определенной области знаний. Работа по достижению этой цели привела к появлению ряда взаимосвязанных проектов, которые более подробно описаны здесь: GSC проекты. К ним относятся язык разметки геномных контекстных данных (GCDML), Genomic Rosetta Stone (GRS), Habitat-Lite. Более новые проекты включают проект M5.
Связи с другими группами
GSC заинтересован в установлении связей с другими сообществами. Как указано выше, GSC занимается разработкой онтологий в рамках OBO Foundry. GSC также является одним из основателей сообщества Минимум информации о биомедицинском или биологическом исследовании (MIBBI), зонтичное сообщество для поддержки и координации разработки контрольных списков, описывающих Минимальные информационные стандарты.
GSC и Проект "Микробиом Земли" поддерживать формат файла матрицы биологического наблюдения (BIOM).[1]
Публикации
GSC ведет список публикаций на своей вики: Публикации GSC. В этот список вошли отчеты со всех семинаров, статьи из специального выпуска журнала OMICS о стандартах данных и публикации, описывающие спецификации MIGS / MIMS и MIMARKS в журнале. Природа Биотехнологии (Май 2008 г. и май 2011 г. соответственно).