Обобщенное выравнивание дерева - Generalized tree alignment

В вычислительной филогенетика, обобщенное выравнивание дерева проблема создания множественное выравнивание последовательностей и филогенетическое дерево на наборе последовательностей одновременно, а не по отдельности.[1]

Формально, Обобщенное выравнивание дерева это следующая оптимизационная задача.

Вход: Множество и функция редактирования расстояния между последовательностями,

Выход: Дерево с надписью на листе и помечены последовательностями на внутренних узлах, так что минимизируется, где расстояние редактирования между конечными точками .[2]

Обратите внимание, что это отличается от выравнивание деревьев, где дерево предоставляется в качестве входных данных.

Рекомендации

  1. ^ Швиковски, Бенно; Вингрон, Мартин (1997). «Эвристика отложенного пути для обобщенной задачи согласования деревьев». Журнал вычислительной биологии. 4 (3): 415–431. Дои:10.1089 / cmb.1997.4.415. ISSN  1066-5277. PMID  9278068.
  2. ^ Шринивас Алуру (21 декабря 2005 г.). Справочник по вычислительной молекулярной биологии. CRC Press. С. 19–26. ISBN  978-1-4200-3627-5.