Тест с четырьмя гаметами - Four-gamete test
 | Эта статья может быть сбивает с толку или неясно читателям. (Июль 2008 г.) (Узнайте, как и когда удалить этот шаблон сообщения) |
В популяционная генетика, то тест с четырьмя гаметами это метод выявления исторических рекомбинация События.[1]
Описание
Учитывая набор из четырех или более выбранных гаплоидный хромосомы, тест с четырьмя гаметами (FGT) обнаруживает события рекомбинации, определяя пары сегрегация сайтов которые не могут возникнуть без рекомбинации или повторения мутация. В предположении бесконечности сайтов (т.е. повторные мутации имеют нулевую вероятность) вероятность повторной мутации равна нулю, и, следовательно, предполагается событие рекомбинации. Например, если изучаемые данные состоят из биаллельных однонуклеотидный полиморфизм data, то можно сгенерировать следующую конфигурацию без рекомбинация.
| Хромосома | Сайт 1 | Сайт 2 |
|---|---|---|
| 1 | 0 | 0 |
| 2 | 1 | 0 |
| 3 | 0 | 1 |
Однако следующая конфигурация не может быть создана без рекомбинации.
| Хромосома | Сайт 1 | Сайт 2 |
|---|---|---|
| 1 | 0 | 0 |
| 2 | 1 | 0 |
| 3 | 0 | 1 |
| 4 | 1 | 1 |
FGT обнаруживает событие рекомбинации, если вышеуказанная конфигурация встречается в данных. Данные в приведенной выше конфигурации считаются несовместимый с любой не рекомбинирующей наследственной историей.
FGT имеет низкий статистическая мощность для обнаружения рекомбинации. Кроме того, FGT подходит только тогда, когда скорость мутации значительно меньше скорости рекомбинации. Если частота мутаций высока, то предположение о бесконечности сайтов нарушается. Например, FGT обычно подходит для наборов данных о людях, но не подходит для наборов данных о бактериях.