ExoCarta - ExoCarta
Содержание | |
---|---|
Описание | База данных экзосомальных белков, РНК и липидов |
Контакт | |
Исследовательский центр | Институт молекулярных наук Ла Троба |
Авторы | Суреш Мативанан |
Доступ | |
Интернет сайт | http://www.exocarta.org |
ExoCarta это вручную созданная база данных экзосомальный белки, РНК и липиды.[1][2]
Экзосомы происходят из клеток пузырьки которые присутствуют во многих и, возможно, во всех биологических жидкостях, включая кровь, моча, и питательная среда клеточные культуры.[3][4] Заявленный диаметр экзосом составляет от 30 до 100 нм, что больше, чем ЛПНП, но намного меньше, чем, например, красные кровяные тельца. Экзосомы либо высвобождаются из клетки, когда мультивезикулярные тела слиться с плазматическая мембрана или они высвобождаются непосредственно из плазматической мембраны.[5] Становится все более очевидным, что экзосомы выполняют специализированные функции и играют ключевую роль, например, в коагуляция, межклеточная передача сигналов и управление отходами.[3] Следовательно, растет интерес к клиническому применению экзосом. Экзосомы потенциально могут использоваться для прогноза, терапии и биомаркеров здоровья и болезней.
Биоинформатический анализ экзосом
Экзосомы содержат РНК, белки, липиды и метаболиты, которые отражают клеточный тип происхождения. Поскольку экзосомы содержат множество белков, РНК и липидов, крупномасштабный анализ, включая протеомика и транскриптомика часто выполняется. В настоящее время для анализа этих данных используются некоммерческие инструменты, такие как FunRich[6] может использоваться для идентификации чрезмерно представленных групп молекул.
Рекомендации
- ^ Мативанан, Суреш; Fahner Cassie J; Рид Гэвин Э; Симпсон Ричард Дж (октябрь 2011 г.). «ExoCarta 2012: база данных экзосомальных белков, РНК и липидов». Исследования нуклеиновых кислот. 40 (Выпуск базы данных): D1241–4. Дои:10.1093 / nar / gkr828. ЧВК 3245025. PMID 21989406.
- ^ Мативанан С., Симпсон Р.Дж. (2009). «ExoCarta: сборник экзосомальных белков и РНК». Протеомика. 9 (21): 4997–5000. Дои:10.1002 / pmic.200900351. PMID 19810033.
- ^ а б ван дер Поль Э; Böing, AN; Харрисон П.; Стурк А; Ньюланд Р. (2012). «Классификация, функции и клиническое значение внеклеточных везикул». Pharmacol. Rev. 64 (3): 676–705. Дои:10.1124 / пр.112.005983. PMID 22722893.
- ^ Keller S; Сандерсон МП; Stoeck A; Альтевогт П. (2006). «Экзосомы: от биогенеза и секреции к биологической функции». Иммунол. Латыш. 107 (2): 102–8. Дои:10.1016 / j.imlet.2006.09.005. PMID 17067686.
- ^ Бут AM; Fang Y; Fallon JK; Ян Дж. М.; Hildreth JE; Гулд SJ (2006). «Экзосомы и зачаток Gag ВИЧ из эндосомоподобных доменов плазматической мембраны Т-клеток». J. Cell Biol. 172 (6): 932–935. Дои:10.1083 / jcb.200508014. ЧВК 2063735. PMID 16533950.
- ^ Патан, М. Кеэртикумар, S; Ang, C. S .; Gangoda, L; Quek, C. Y .; Уильямсон, Н. А .; Мурадов Д; Зибер, О. М .; Simpson, R.J .; Салим, А; Бачич, А; Хилл, А; Страуд, Д. А .; Райан, М. Т .; Agbinya, J. I .; Mariadasson, J.M .; Берджесс, А. В .; Мативанан, S (2015). «Техническое описание funrich: автономный инструмент функционального обогащения и сетевого анализа взаимодействия с открытым доступом». Протеомика. 15: 2597–601. Дои:10.1002 / pmic.201400515. PMID 25921073.
внешняя ссылка
Этот Биологическая база данных -связанная статья является заглушка. Вы можете помочь Википедии расширяя это. |