Энергетический дрейф - Energy drift

В компьютерное моделирование механических систем, дрейф энергии - постепенное изменение полной энергии замкнутой системы с течением времени. По законам механики энергия должна быть постоянная движения и не должно меняться. Однако при моделировании энергия может колебаться в краткосрочном масштабе и увеличиваться или уменьшаться в очень долгом масштабе времени из-за численное интегрирование артефакты, возникающие с использованием конечного временного шага Δt. Это несколько похоже на летающий кубик льда проблема, при которой численные ошибки в обработке равнораспределения энергии могут превратить колебательную энергию в поступательную.

В частности, энергия имеет тенденцию к экспоненциальному увеличению; его увеличение можно понять интуитивно, потому что каждый шаг вносит небольшое возмущение δv к истинной скорости v_{истинный}, который (если не коррелировать с v, что будет справедливо и для простых методов интегрирования) приводит к увеличению энергии второго порядка

{ displaystyle E = sum m mathbf {v} ^ {2} = sum m mathbf {v} _ {true} ^ {2} + sum m delta mathbf {v} ^ {2} }

(Поперечный член в v · Δv равен нулю из-за отсутствия корреляции.)

Дрейф энергии - обычно затухающий - существенен для схем численного интегрирования, которые симплектический, такой как Рунге-Кутта семья. Симплектические интеграторы, обычно используемые в молекулярная динамика, такой как Интегратор Верле семейства, показывают увеличение энергии в течение очень долгого времени, хотя погрешность остается примерно постоянной. Эти интеграторы фактически не воспроизводят реальный Гамильтонова механика системы; вместо этого они воспроизводят тесно связанный «теневой» гамильтониан, значение которого они сохраняют на много порядков более точно.^[1] Точность сохранения энергии для истинного гамильтониана зависит от шага по времени.^[2]^[3] Энергия, вычисленная из модифицированного гамильтониана симплектического интегратора, равна ${ displaystyle { mathcal {O}} left ( Delta t ^ {p} right)}$ от истинного гамильтониана.

Энергетический дрейф похож на параметрический резонанс в том, что конечная дискретная схема временного шага приведет к нефизической, ограниченной выборке движений с частоты близко к частоте обновления скорости. Таким образом, ограничение на максимальный размер шага, который будет стабильным для данной системы, пропорционален периоду самого быстрого основные режимы движения системы. Для движения с собственной частотой ω искусственные резонансы вводятся, когда частота обновления скорости, ${ displaystyle { frac {2 pi} { Delta t}}}$ связана с ω как

{ displaystyle { frac {n} {m}} omega = { frac {2 pi} { Delta t}}}

куда п и м - целые числа, описывающие порядок резонанса. Для интегрирования Верле резонансы до четвертого порядка ${ displaystyle left ({ frac {n} {m}} = 4 right)}$ часто приводят к числовой нестабильности, что приводит к ограничению размера временного шага

{ displaystyle Delta t <{ frac { sqrt {2}} { omega}} приблизительно 0,225p}

где ω - частота наиболее быстрого движения в системе, а п это его период.^[4] Самые быстрые движения в большинстве биомолекулярных систем связаны с движениями водород атомы; поэтому обычно используют алгоритмы ограничения чтобы ограничить движение водорода и, таким образом, увеличить максимальный стабильный временной шаг, который можно использовать при моделировании. Однако, поскольку временные масштабы движений тяжелых атомов не сильно отличаются от временных масштабов движений водорода, на практике это позволяет увеличить временной шаг только примерно в два раза. Распространенной практикой в моделировании биомолекулярных соединений всех атомов является использование временного шага 1 фемтосекунда (fs) для моделирования без ограничений и 2 fs для моделирования с ограничениями, хотя для определенных систем или выбора параметров могут быть возможны большие временные шаги.

Дрейф энергии также может быть следствием неточностей в оценке функция энергии, обычно из-за параметров моделирования, которые жертвуют точностью ради скорости вычислений. Например, схемы отсечки для оценки электростатический силы вносят систематические ошибки в энергию с каждым шагом по времени, поскольку частицы движутся вперед и назад по радиусу отсечки, если не используется достаточное сглаживание. Сетка для частиц Ewald суммирование - одно из решений для этого эффекта, но оно вводит собственные артефакты. Ошибки в моделируемой системе могут также вызывать дрейфы энергии, характеризуемые как «взрывные», которые не являются артефактами, но отражают нестабильность начальных условий; это может произойти, когда система не была подвергнута достаточной структурной минимизации перед началом производственной динамики. На практике дрейф энергии можно измерить как процент увеличения с течением времени или как время, необходимое для добавления заданного количества энергии в систему.

Практические эффекты дрейфа энергии зависят от условий моделирования, термодинамический ансамбль моделируется, и предполагаемое использование исследуемой модели; например, дрейф энергии имеет гораздо более серьезные последствия для моделирования микроканонический ансамбль чем канонический ансамбль где температура поддерживается постоянной. Однако было показано, что долгое время микроканонический ансамбль моделирование может выполняться с незначительным дрейфом энергии, в том числе для гибких молекул, которые включают ограничения.^[1] Энергетический дрейф часто используется в качестве меры качества моделирования и был предложен в качестве одного из показателей качества, который должен регулярно сообщаться в массовом хранилище данных траектории молекулярной динамики, аналогичном метрике Банк данных белков.^[5]

Энергетический дрейф - Energy drift

Рекомендации

дальнейшее чтение