Карта разницы плотности - Difference density map

В Рентгеновская кристаллография, а карта плотности разности показано пространственное распределение разности измеренных электронная плотность кристалла и электронной плотности, объясненных текущей моделью.

Эти коэффициенты выводятся из градиента функции правдоподобия наблюдаемых структурных факторов на основе текущей модели.

Отображать

Обычно они отображаются как изоповерхности с положительной плотностью - электронная плотность, при которой в модели ничего нет, обычно соответствующая некоторому компоненту кристалла, который не был смоделирован, например лиганд или адъютант кристаллизации - зеленый цвет и отрицательная плотность - части модели, не подкрепленные электронной плотностью, что указывает на то, что атом был разупорядочен радиационное повреждение или что он смоделирован не в том месте - красным.

Расчет

Карты разностной плотности обычно рассчитываются с использованием коэффициентов Фурье, которые представляют собой разности между наблюдаемыми амплитудами структурных факторов из эксперимента по дифракции рентгеновских лучей и рассчитанными амплитудами структурных факторов из текущей модели с использованием фазы из модели для обоих членов (поскольку фазы отсутствуют доступны для наблюдаемых данных). Два набора структурных факторов должны быть в одном масштабе. Теперь нормально также включать весовые коэффициенты, которые учитывают предполагаемые ошибки в текущей модели:

${\displaystyle C_{diffmap}=(m|F_{obs}|-D|F_{calc}|)exp(2\pi i\phi _{calc})}$

куда м это добродетель что является оценкой косинуса ошибки по фазе, и D - масштабный коэффициент.

Рекомендации