Язык химической разметки - Chemical Markup Language

cml
Расширение имени файла
.cml
Тип форматаформат химического файла

Язык химической разметки (ChemML или CML) - подход к управлению молекулярный информацию с помощью таких инструментов, как XML и Ява.[1] Это была первая реализация для конкретной предметной области, основанная строго на XML, сначала на основе DTD[2] а позже Схема XML,[3] самая надежная и широко используемая система для точного управления информацией во многих областях. Он разрабатывался более десяти лет компанией Мюррей-Руст, Жепа и другие, и был протестирован во многих областях и на различных машинах.

Химическая информация традиционно хранится во многих типах файлов, что препятствует повторному использованию документов. CML использует переносимость XML, чтобы помочь разработчикам CML и химикам разрабатывать совместимые документы. Существует ряд инструментов, которые могут создавать, обрабатывать и просматривать документы CML. Издатели могут распространять химию в документах XML с помощью CML, например в RSS документы.[4]

CML может поддерживать широкий спектр химических концепций, включая:

  • молекулы
  • реакции[5]
  • спектры и аналитические данные[6]
  • вычислительная химия
  • химическая кристаллография и материалы

Подробная информация о CML и обсуждаемых в настоящее время вопросах размещена в блоге CML.

Управление версиями

Версии схемы доступны по адресу Sourceforge. По состоянию на апрель 2012 г. последняя замороженная схема - это CML v2.4. Некоторые конструкции в CML v1 теперь не рекомендуются.

инструменты

JUMBO начал свою жизнь как универсальный молекулярный браузер Java для объектов, но теперь представляет собой библиотеку Java, которая поддерживает проверку, чтение и запись CML, а также преобразование нескольких устаревших форматов в CML и, например, реакцию CML на анимированное представление SVG. реакции.[7] JUMBO превратился в обширную библиотеку Java, CMLDOM,[8] поддержка всех элементов схемы.[9] Хотя раньше JUMBO был браузером, предпочтительным подходом является использование инструментов с открытым исходным кодом. Jmol и JChemPaint, некоторые из которых используют альтернативные библиотеки CML.[10] Увидеть Голубой обелиск.

Смотрите также

использованная литература

  1. ^ Мюррей-Раст, Питер; Рзепа, Генри S (2011). «CML: эволюция и дизайн». Журнал химинформатики. 3 (1): 44. Дои:10.1186/1758-2946-3-44. ЧВК  3205047. PMID  21999549.
  2. ^ Murray-Rust, P .; Рзепа, Х. С. (1999), «Химическая разметка, XML и всемирная паутина. 1. Основные принципы», J. Chem. Инф. Comput. Sci., 39 (6): 928–942, CiteSeerX  10.1.1.40.8275, Дои:10.1021 / ci990052b
  3. ^ Murray-Rust, P .; Rzepa, H. S. (2003), "Химическая разметка, XML и Всемирная паутина. 4. Схема CML", J. Chem. Инф. Comput. Sci., 43 (3): 757–772, Дои:10.1021 / ci0256541, PMID  12767134
  4. ^ Gkoutos, G.V .; Murray-Rust, P .; Rzepa, S .; Райт, М. (2001), «Химическая разметка, XML и всемирная паутина. 3. На пути к подписанной семантической химической сети доверия», J. Chem. Инф. Comput. Sci., 41 (5): 1124–1130, Дои:10.1021 / ci000406v
  5. ^ Холлидей, Г. Л .; Murray-Rust, P .; Рзепа, Х.С. (2006), «Химическая разметка, XML и всемирная паутина. Часть 6. CMLReact; XML-словарь химических реакций», J. Chem. Инф. Модель., 46 (1): 145–157, Дои:10.1021 / ci0502698
  6. ^ Kuhn, S .; Helmus, T .; Ланкашир, Р. Дж .; Murray-Rust, P .; Rzepa, H. S .; Steinbeck, C .; Виллигэген, Э. Л. (2007), «Химическая разметка, XML и всемирная паутина. 7. CMLSpect, XML-словарь для спектральных данных», J. Chem. Инф. Модель., 47 (6): 2015–2034, Дои:10.1021 / ci600531a, PMID  17887743
  7. ^ JUMBO
  8. ^ Murray-Rust, P .; Рзепа, Х. С. (2001), «Химическая разметка, XML и всемирная паутина. 2. Информационные объекты и CMLDOM», J. Chem. Инф. Comput. Sci., 41 (5): 1113–1123, Дои:10.1021 / ci000404a
  9. ^ Главная страница CML на Sourceforge
  10. ^ Виллигаген, Э. (2001). «Соглашения об обработке CML в Java». Интернет-журнал химии. 4.

дальнейшее чтение

  • Rzepa, H. S .; Murray-Rust, P .; Уитакер, Б. Дж. (1997), "Интернет как инструмент химической информации", Chem. Soc. Ред., 26 (1): 1–10, Дои:10.1039 / CS9972600001
  • Murray-Rust, P .; Rzepa, H. S .; Райт, М. (2001), "Разработка языка химической разметки (CML) как системы для работы со сложным химическим содержимым", New J. Chem., 25 (4): 618–634, Дои:10.1039 / b008780g

внешние ссылки