Кальдококк - Caldococcus

Кальдококк
Научная классификация
Домен:
Археи
Королевство:
Crenarchaeota
Тип:
Crenarchaeota
Учебный класс:
Термопротеи
Заказ:
Desulfurococcales
Род:
Кальдококк
Разновидность
Синонимы
  • "Кальдококк" Аошима и другие. 1996

Кальдококк это род Архей в порядке Desulfurococcales.[1]

Характеристики

Кальдококк представляют собой род архей, встречающихся в классе Desulfurococcales. Представители этого рода - строго анаэробные гипертермофильные кокки, которые восстанавливают сульфид и окисляют серу. Их можно найти в гипертермальных источниках и горячих источниках, например, в Йеллоустонском национальном парке.[2][3]

Разновидность

Caldococcus noboribetus

Исследование изоцитратдегидрогеназы

Caldococcus noboribetus гены были мутированы, чтобы понять характеристики предкового белка изоцитратдегидрогеназы. Мутантные гены изоцитратдегидрогеназы содержат предполагаемые предковые последовательности, которые были экспрессированы в Кишечная палочка клетки. Экспрессия этих генов привела к образованию белков с предковыми аминокислотными последовательностями, которые предоставили доказательства родства с гипертермофильным универсальным предком. Термостабильности очищенных ферментов имели более высокую термическую стабильность, чем изоцитратдегидрогеназа дикого типа. Это подтверждает гипотезу о том, что последний универсальный общий предок был теплолюбивым или гипертермофильным. Это открытие имеет значение для понимания эволюционной истории других белков, а также для разработки термостабильности белков для экспериментальных или промышленных целей.[4]

Ген, кодирующий изоцитратдегидрогеназу (ICDH), был клонирован из Caldococcus noboribetus и упорядочены. Аминокислотная последовательность ICDH показала сходство с бактериальными генами ICDH, обнаруженными в обоих Вибрион и Кишечная палочка разновидность. Последовательности последнего имели примерно 50% идентичность с ICDH архей. Ген был выражен в Кишечная палочка путем лигирования его с промотором Т7, и полученная молекулярная масса продукта гена составила около 48000. Эта оценка соответствовала оценке, полученной на основе выведенной аминокислотной последовательности. Продукт гена также проявлял зависимость от НАДФ, чтобы функционировать при 80 ° C. Ген ICDH, выделенный из C. noboribetus продемонстрировал более высокую термостабильность, чем ICDH, полученный из хозяина.[5] Исходя из этой информации, вполне вероятно, что этот вид мог предоставить информацию относительно предкового гипертермофила. Такая информация поможет построить полное филогенетическое дерево гипертермофильных археабактерий.

Caldococcus litoralis

Caldococcus litoralis были опубликованы как представитель нового рода на основании значительной разницы в 14% содержания GC с Термококк Целер, единственный представитель Термококк на тот момент, когда исследование проводилось в 1987 году. C. litoralis представляют собой кокки неправильной формы, размером от 0,7 до 2,1 мкм. Вид был изолирован из горячих вулканических жерл на Горячем пляже на Кунашир, Япония Это морская и чрезвычайно термофильная архебактерия, способная расти при температуре 55-100 ° C с оптимальной температурой 88 ° C. Он также способен расти при значениях pH в диапазоне от 5,9 до 7,0 с оптимальным значением pH 6,4. В оптимальных условиях время генерации составляет 44 минуты с 6 г пептона на литр и элементарной серой и акцептором электронов.

C. litoralis обладает монополярными нитевидными пучками и является строго анаэробным. Он использует пептиды в качестве источника углерода и энергии; он растет в присутствии элементарной серы, которая восстанавливается до H2С.

C litoralis устойчив к ванкомицину, хлорамфениколу, бензилпенициллину, стрептомицину и рифампицину. Его РНК-полимераза не реагирует с антителами против Десульфурококк РНК-полимераза. Он имеет содержание GC 41,0 ± 0,2 мол.%. Исходный изолят по содержанию GC и морфологическим и физиологическим свойствам был отнесен к новому роду, Кальдококк ген. nov., с типовым штаммом C. litoralis sp. ноя .; Типовой штамм - Z-1301.[6]

Было высказано предположение, что C. litoralis реклассифицировать как Термококк литоралис Z-1301 ". T. litoralis это недавно опубликованный вид, который не был известен на момент проведения первоначального исследования.[7] Это предположение подтверждается анализами иммуноблоттинга, указывающими на то, что это один и тот же вид. Дополнительная поддержка включает 96% гомологии между двумя штаммами после гибридизации ДНК-ДНК.[8]

Рекомендации

  1. ^ Увидеть NCBI веб-страница о Caldococcus. Данные извлечены из "Ресурсы таксономии NCBI". Национальный центр биотехнологической информации. Получено 2007-03-19.
  2. ^ http://www.rcn.montana.edu/resources/organisms/organisms.aspx?nav=11&tid=1&did=1
  3. ^ Брок Биология микроорганизмов (10-е изд.). Мэдиган М.Т., Мартинко Дж. М. и Паркер Дж. 2003. Прентис Холл. 467p
  4. ^ https://www.researchgate.net/publication/8045357_Thermostability_of_ancestral_mutants_of_Caldococcus_noboribetus_isocitrate_dehydrogenase
  5. ^ Аошима М., Ямагиши А. и Осима Т. «Изоцитратдегидрогеназа эубактерийного типа из архей: клонирование, секвенирование и экспрессия гена, кодирующего изоцитратдегидрогеназу из гипертермофильной архебактерии Caldococcus noboribetus». Arch. Biochem. Биофиз. (1996) 336: 77-85.
  6. ^ СВЕТЛИЧНЫЙ В, А, и др. «Новый вид нового рода Caldococcus-Litoralis - новая морская чрезвычайно термофильная архебактерия, снижающая содержание элементарной серы». Микробиология 56.5 (1987): 831-838. Биологические рефераты 1969 - настоящее время. Интернет. 23 ноября 2013 г.
  7. ^ Neuner et al. "Thermococcus Litoralis Sp. Nov .: Новый вид чрезвычайно термофильных морских архебактерий". Arch Microbiol (1990): 205-07. Распечатать
  8. ^ Костюкова и соавт. «Исследование структуры и антигенной способности оболочек клеток Thermococcales и переклассификация Caldococcus Litoralis Z-1301 as». Экстремофилы 3 (1999): 239-45. Распечатать.

дальнейшее чтение

Научные журналы

Научные книги

Научные базы данных

внешняя ссылка