CLIP4 - CLIP4

Белок CLIP4 предсказал третичную структуру. Взято из PhyreRisk.^[1]

CLIP4
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 2Z0W
Идентификаторы
Псевдонимы	CLIP4, RSNL2, член семейства линкерных белков, содержащий домен CAP-Gly 4
Внешние идентификаторы	MGI: 1919100 ГомолоГен: 11662 Генные карты: CLIP4
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 2 (человек)[2] Группа 2п23.2 Начинать 29,097,705 бп[2] Конец 29,189,643 бп[2]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 17 (мышь)[3] Группа 17 | 17 E1.3 Начинать 71,768,473 бп[3] Конец 71,864,273 бп[3]
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	79745	78785
Ансамбль	ENSG00000115295	ENSMUSG00000024059
UniProt	Q8N3C7	Q8CI96
RefSeq (мРНК)	NM_001287527 NM_001287528 NM_024692	NM_001271483 NM_001271484 NM_030179 NM_175378
RefSeq (белок)	NP_001274456 NP_001274457 NP_078968	NP_001258412 NP_001258413 NP_084455 NP_780587
Расположение (UCSC)	Chr 2: 29.1 - 29.19 Мб	Chr 17: 71,77 - 71,86 Мб
PubMed поиск	[4]	[5]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

CAP-Gly домен, содержащий член семейства линкерных белков 4 представляет собой белок, который у человека кодируется геном CLIP4.^[6] Что касается консервативных доменов, ген CLIP4 содержит в основном анкириновые повторы и одноименные домены CAP-Gly.^[6] Структура белка CLIP4 в основном состоит из клубков, причем альфа-спирали доминируют над остальной частью белка.^[7] Экспрессия мРНК CLIP4 происходит в основном в коре надпочечников и атриовентрикулярном узле.^[8] Литература, охватывающая консервативные домены и паралоги CLIP4, указывает на регуляцию микротрубочек как возможную функцию CLIP4.

Ген

Ген CLIP4 человека, также известный как Restin-Like Protein 2 (RSNL2),^[9] расположен на плюсовой нити короткого (p) плеча хромосомы 2 в области 2, полоса 3^[9] от пары оснований 29 096 676 к паре оснований 29 189 643. CLIP4 имеет длину 92 968 пар оснований и состоит из 23 экзонов.^[9]

Стенограмма

Варианты стенограммы

Стенограмма	размер мРНК (нуклеотиды)
Вариант транскрипции CLIP4 1[10]	4299
Вариант транскрипции CLIP4 2[11]	4295
Вариант транскрипции CLIP4 3[12]	2353

Протеин

Белок CLIP4 человека имеет длину 705 аминокислот и состоит из двух основных типов консервативных доменов: двух доменов CAP-Gly и множества анкириновых повторов.^[9] Вторичная структура CLIP4 состоит в основном из случайных клубков, причем альфа-спирали являются второй по распространенности структурой, а бета-листы - третьей по распространенности структурой.^[7]

Изоэлектронная точка необработанного белка CLIP4 слегка основная (8,62 мкл), что означает небольшой избыток основных аминокислот по сравнению с кислыми аминокислотами.^[13] Молекулярная масса составляет около 65 кДа.^[13] Самой распространенной аминокислотой в CLIP4 является серин, который составляет 10,7% белка.^[14] Выровненные совпадающие блоки разделенных, тандемных и периодических повторов находятся между позициями 340-345 и 542-547, а также между позициями 447-547 и 564-568.^[14] Необычный 9-значный периодический элемент единственного числа лизина, за которым следуют восемь других аминокислот, встречается в белке пять раз по сравнению с набором данных swp23s.q.^[14] Еще одно необычное явление - это периодический элемент из семи цифр, состоящий из отрицательно заряженной аминокислоты, за которой следуют шесть других гидрофобных аминокислот, что шесть раз встречается в белке по сравнению с набором данных swp23s.q.^[14] Есть два случая интервала серина и два случая интервала фенилаланина, которые составляют необычно большие расстояния по сравнению с набором данных swp23s.q.^[14]

Изоформы белков

Изоформа	Размер белка (аминокислоты)
CLIP4 изоформа 1[15]	705
CLIP4 изоформа 2[16]	599

Выражение

Экспрессия РНК CLIP4 неизменно в высокой степени измеряется в щитовидной железе.^[6] Кроме того, высокая степень транскрипции наблюдается в коре надпочечников и атриовентрикулярном узле.^[8] Атлас человеческого белка указывает на высокие значения экспрессии РНК в мышечных тканях, а также в коже, эндокринных тканях и проксимальных отделах пищеварительного тракта.^[17] Наибольшие значения экспрессии белка были обнаружены в мышечных тканях, а также в легких, желудочно-кишечном тракте, печени и желчном пузыре, костном мозге и лимфоидных тканях.^[17]

Экспрессия белка CLIP4, по-видимому, сильно выражается во время дефицита Ada3.^[18] Также существует более высокая тенденция к более высокой экспрессии CLIP4 в отсутствие U28.^[18]

Регулирование

Ген

Сайты связывания общих факторов транскрипции

Эти факторы транскрипции были выбраны и организованы на основе близости к промотору и сходства матрикса.^[19]

Фактор транскрипции	Подробная информация о матрице	Якорная база	Матричное сходство	Последовательность
NOLF	Фактор ранних В-клеток 1	17	0.98	taagagTCCCcagggcagaaaca
PAX2	Парный домен PAX2 рыбок данио	18	0.8	aagagtccccagggcagAAACaa
AP2F	Фактор транскрипции AP-2, альфа	16	0.98	ctgcCCTGgggactc
AP2F	Фактор транскрипции AP-2, бета	16	0.899	gagTCCCcagggcag
СОРИ	SRY (пол-определяющая область Y) блок 9, димерные сайты связывания	35	0.768	aAACAaaatccagtgagggagag
HNF6	CUT-гомеодоменный фактор транскрипции Onecut-2	32	0.827	aaacaaAATCcagtgag
PAX5	Белок-активатор, специфичный для В-клеток	40	0.815	acaaaaTCCAgtgagggagagatgcaggg
ZF16	PR / SET домен 15	36	0.852	aaatccagtgaGGGA
СОРИ	HMGI (Y) белок группы высокой подвижности I (Y), архитектурный фактор транскрипции, организующий каркас транскрипционного комплекса ядерный белок-ДНК	78	0.945	tggaAATTttctaccttaggagc
NFAT	Ядерный фактор активированных Т-клеток 5	83	0.955	ttttGGAAattttctacct
NFAT	Ядерный фактор активированных Т-клеток 5	83	0.871	agtAGAAaatttccaaaa
CEBP	CCAAT / связывающий белок энхансер (C / EBP), эпсилон	89	0.975	agccttttGGAAatt
CAAT	Клеточный и вирусный бокс CCAAT	110	0.91	gcagCCATttaatct
CAAT	Ящик Avian C-type LTR CCAAT	165	0.875	cccaCCAAgcagtgg
CEBP	CCAAT / связывающий белок энхансер (C / EBP), гамма	650	0.866	ctaaTTGCtcaacgt
CEBP	CCAAT / энхансер связывающий белок альфа	651	0.971	cacgttgaGCAAtta
ВТБП	Коробка LTR TATA млекопитающих типа C	680	0.903	tgctgTAAAaggcctaa
TF2B	Элемент распознавания фактора транскрипции II B (TFIIB)	983	1	ccgCGCC
TF2B	Элемент распознавания фактора транскрипции II B (TFIIB)	1157	1	ccgCGCC
TF2B	Элемент распознавания фактора транскрипции II B (TFIIB)	1228	1	ccgCGCC

Транскрипционный

Последовательность мРНК CLIP4 человека имеет 12 структур «ствол-петля» в 5'-UTR и 13 структур «ствол-петля» в 3'-UTR. Из этих вторичных структур имеется 12 консервативных вторичных структур «стебель-петля» в 5'UTR, а также 1 консервативная вторичная структура «стебель-петля» в 3'-UTR.^[20]

Протеин

Белок CLIP4 человека локализован внутри ядерной мембраны клетки.^[21] CLIP4 не имеет сигнального пептида из-за его внутриклеточной локализации.^[22] По той же причине он также не имеет сайтов N-связанного гликозилирования.^[23] CLIP4 не расщепляется.^[24] Однако присутствуют многочисленные O-связанные сайты гликозилирования.^[25] Сайты фосфорилирования с высокой плотностью присутствуют в позициях 400-599 аминокислот на белке CLIP4, хотя многие из них также присутствуют в остальной части белка.^[26]

Функция

Домены CAP-Gly часто связаны с регуляцией микротрубочек.^[27] Кроме того, известно, что анкириновые повторы опосредуют белок-белковые взаимодействия.^[28] Более того, CLIP1, паралог CLIP4 у людей, как известно, связывается с микротрубочками и регулирует цитоскелет микротрубочек.^[29] Также предполагается, что белок CLIP4 взаимодействует с различными белками, связанными с микротрубочками.^[30] В результате вполне вероятно, что белок CLIP4, хотя и не охарактеризован, связан с регуляцией микротрубочек.

Взаимодействующие белки

Предполагается, что белок CLIP4 взаимодействует со многими белками, связанными с микротрубочками; а именно MAPRE1, MAPRE2 и MAPRE3. Также предполагается, что он взаимодействует с CKAP5 и DCTN1, белком, связанным с цитоскелетом, и белком, связанным с динактином, соответственно.^[30]

Клиническое значение

Важность при различных формах рака

Активность CLIP4 коррелирует с распространением почечно-клеточного рака (ПКР) в организме хозяина и, следовательно, может быть потенциальным биомаркером метастазов ПКР у онкологических больных.^[31] Кроме того, измерение уровней промоторного метилирования CLIP4 с использованием глобального индекса метилирования ДНК показывает, что более высокое метилирование CLIP4 связано с увеличением степени тяжести гастрита до, возможно, рака желудка.^[32] Это указывает на то, что CLIP4 можно использовать для ранней диагностики рака желудка.^[33] Аналогичное открытие было также зарегистрировано для рака простаты, при котором было обнаружено, что CLIP4 гиперметилирован у пациентов с раком простаты.^[34]

Важность при других заболеваниях

Было обнаружено, что присутствие CLIP4 сильно увеличивается в образцах с прогнозируемым тяжелым фиброзом в результате вируса хронического гепатита С (ВГС).^[35] Кроме того, присутствие CLIP4 в качестве нового аутоантигена в Systmic Lupus Arythematosus указывает на его потенциальную роль в механизме заболевания.^[36]

Гомология

Ортологи CLIP4

Эти ортологи были выбраны и организованы на основе предполагаемой даты расхождения с человеческим белком, а также глобальной идентичности последовательностей.^[37]

Биноминальная номенклатура	Распространенное имя	Таксономическая группа	Расчетная DoD от человека (MYA)	Регистрационный номер	Длина последовательности (AA)	Глобальная идентичность последовательности человеческого белка (%)	Глобальное сходство последовательностей с человеческим белком (%)
Homo sapiens (Hsa) - человек разумный	Человек	Примас	0	AAP97312	601	100	100
Aotus nancymaae (Ана)	Ночная обезьяна мамы	Примас	43.2	XP_012330895	704	83.5	83.7
Sorex araneus (Сар)	Обыкновенная бурозубка	Eulipotyphla	96	XP_004620056	707	74	78.5
Antrostomus carolinensis (Aca)	Вдова Чака Уилла	Авес	312	XP_028942997	702	66.5	75.4
Gekko japonicus (Гья)	Японский геккон Шлегеля	Рептилии	312	XP_015270366	702	63.8	73.1
Rhinatrema bivittatum (Rbi)	Цецилион двоякостной	Амфибии	351.8	XP_029448862	707	59.5	70.5
Callorhinchus milii (Cmi)	Слоновая акула	Chondrichthyes	473	XP_007895016	715	52.5	65.6
Branchiostoma floridae (Bfl)	Флоридский ланцетник	Лептокардии	684	XP_002606824	481	40.4	52.8
Saccoglossus kowalevskii (Sko)	Желудь червь	Энтеропнеуста	684	XP_006822686	648	35.7	47.5
Ixodes scapularis (Isc)	Черноногий клещ	Паукообразный	797	XP_029831090	527	38.9	53
Limulus polyphemus (ЛПо)	Атлантический подковообразный краб	Паукообразный	797	XP_013786376	462	38	51.6
Lottia gigantea (Lgi)	Сова	Брюхоногие моллюски	797	XP_009046843	669	36.3	49.3
Mizuhopecten yessoensis (Ми)	Йессо гребешок	Двустворчатые моллюски	797	XP_021359747	633	35.4	47.2
Parasteatoda tepidariorum (Pte)	Обычный домашний паук	Паукообразный	797	XP_015914966	616	34.7	47.6
Аплизия калифорнийская (Ака)	Калифорнийский морской заяц	Брюхоногие моллюски	797	XP_012945346	653	33.7	45.7
Crassostrea virginica (Cvi)	Восточная устрица	Двустворчатые моллюски	797	XP_022315879	646	32.7	45.1
Tetranychus urticae (Tur)	Двухпятнистый паутинный клещ	Паукообразный	797	XP_015790536	652	31.9	43.5
Centruroides sculpturatus (Csc)	Кора скорпиона	Паукообразный	797	XP_023229484	605	30.6	43.4
Penaeus vannamei (Pva)	Тихоокеанские белые креветки	Малакостраки	797	XP_027206746	681	22.9	34
Monosiga brevicollis (Mbr)	Хоанофлагеллята	Чоанофлагеллятея	1023	XP_001748580	576	25.3	40.8

Рекомендации

1. "PhyreRisk". phyrerisk.bc.ic.ac.uk. Получено 2020-05-03.
2. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000115295 - Ансамбль, Май 2017
3. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000024059 - Ансамбль, Май 2017
4. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
6. «CLIP4 CAP-Gly-домен, содержащий член семейства линкерных белков 4 [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI». ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2020-05-01.
7. "CFSSP: Сервер прогнозирования вторичной структуры Chou & Fasman". biogem.org. Получено 2020-05-03.
8. «BioGPS - ваша система генного портала». biogps.org. Получено 2020-05-01.
9. "Ген CLIP4 - Генные карты | Белок CLIP4 | Антитело против CLIP4". genecards.org. Получено 2020-05-01.
10. «Член 4 семейства линкерных белков (CLIP4), содержащий домен CAP-Gly человека (Homo sapiens), вариант транскрипта 1, мРНК». 2020-04-25.
11. «Член 4 семейства линкерных белков (CLIP4), вариант транскрипта 2, мРНК, содержащий домен CAP-Gly (Homo sapiens)». 2020-04-25.
12. «Член 4 семейства линкерных белков (CLIP4), содержащий домен CAP-Gly человека (Homo sapiens), вариант транскрипта 3, мРНК». 2020-04-25.
13. «ExPASy - инструмент вычисления pI / Mw». web.expasy.org. Получено 2020-05-03.
14. «SAPS <Статистика последовательностей . ebi.ac.uk. Получено 2020-05-03.
15. ^ «Изоформа 1 линкерного белка 4, содержащего домен CAP-Gly [Homo sapiens] - белок - NCBI». ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2020-05-03.
16. "Изоформа 2 линкерного белка 4, содержащего домен CAP-Gly [Homo sapiens] - Белок - NCBI". ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2020-05-03.
17. «Резюме экспрессии белка CLIP4 - Атлас белков человека». proteinatlas.org. Получено 2020-05-01.
18. «CLIP4 - Профили GEO - NCBI». ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2020-05-01.
19. «Утилиты последовательности». bioline.com. Получено 2020-05-01.
20. «Прогноз вторичной структуры РНК». genebee.msu.su. Получено 2020-05-01.
21. «Прогноз PSORT II». psort.hgc.jp. Получено 2020-05-03.
22. «СигналП-5.0». cbs.dtu.dk. Получено 2020-05-03.
23. "Сервер NetNGlyc 1.0". cbs.dtu.dk. Получено 2020-05-03.
24. «Сервер ProP 1.0». cbs.dtu.dk. Получено 2020-05-03.
25. «Сервер NetOGlyc 4.0». cbs.dtu.dk. Получено 2020-05-03.
26. "Сервер NetPhos 3.1". cbs.dtu.dk. Получено 2020-05-03.
27. Вайсбрих А., Хоннаппа С., Яусси Р., Охрименко О., Фрей Д., Желесаров И. и др. (Октябрь 2007 г.). «Взаимосвязь структуры и функции доменов CAP-Gly». Структурная и молекулярная биология природы. 14 (10): 959–67. Дои:10.1038 / nsmb1291. PMID  17828277. S2CID  37088265.
28. Ли Дж., Махаджан А., Цай, доктор медицины (декабрь 2006 г.). «Анкириновый повтор: уникальный мотив, опосредующий белок-белковые взаимодействия». Биохимия. 45 (51): 15168–78. Дои:10.1021 / bi062188q. PMID  17176038.
29. "UniProtKB - P30622 (CLIP1_HUMAN)". UniProt. Получено 3 мая 2020.
30. «Белок CLIP4 (человек) - сеть взаимодействия STRING». string-db.org. Получено 2020-05-03.
31. «CLIP4 - линкерный белок 4, содержащий домен CAP-Gly - Homo sapiens (человек) - ген и белок CLIP4». uniprot.org. Получено 2020-05-01.
32. Пирини Ф., Ноазин С., Джахуира-Ариас М. Х., Родригес-Торрес С., Фрисс Л., Михайлиди С. и др. (Июнь 2017 г.). «Раннее выявление рака желудка с использованием глобального, полногеномного метилирования ДНК и IRF4, ELMO1, CLIP4 и MSC при эндоскопической биопсии». Oncotarget. 8 (24): 38501–38516. Дои:10.18632 / oncotarget.16258. ЧВК  5503549. PMID  28418867.
33. Пирини Ф., Ноазин С., Джахуира-Ариас М. Х., Родригес-Торрес С., Фрисс Л., Михайлиди С. и др. (Июнь 2017 г.). «Раннее выявление рака желудка с использованием глобального, полногеномного метилирования ДНК и IRF4, ELMO1, CLIP4 и MSC при эндоскопической биопсии». Oncotarget. 8 (24): 38501–38516. Дои:10.18632 / oncotarget.16258. ЧВК  5503549. PMID  28418867.
34. Kron K, Pethe V, Briollais L, Sadikovic B, Ozcelik H, Sunderji A, et al. (2009-03-13). «Открытие новых гиперметилированных генов при раке простаты с использованием микрочипов геномных островов CpG». PLOS ONE. 4 (3): e4830. Bibcode:2009PLoSO ... 4,48 30 тыс.. Дои:10.1371 / journal.pone.0004830. ЧВК  2653233. PMID  19283074.
35. Гехрау Р., Мас В., Арчер К., Малуф Д. (2012-06-06). «Биомаркеры дифференциации болезни: рецидив ВГС против острого клеточного отторжения». Фиброгенез и восстановление тканей. 5 (Приложение 1): S11. Дои:10.1186 / 1755-1536-5-S1-S11. ЧВК  3368799. PMID  23259646.
36. "Барбара Дема". Открытие медицины.
37. «Nucleotide BLAST: поиск в базах данных нуклеотидов с помощью нуклеотидного запроса». blast.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2020-05-03.