CASC3 - CASC3

CASC3
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 2HYI, 2J0Q, 2J0S, 2J0U, 2XB2, 3EX7
Идентификаторы
Псевдонимы	CASC3, BTZ, MLN51, кандидат 3 предрасположенности к раку, предрасположенность к раку 3, субъединица комплекса соединений экзонов, субъединица комплекса соединений экзонов CASC3
Внешние идентификаторы	OMIM: 606504 MGI: 2179723 ГомолоГен: 7208 Генные карты: CASC3
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 17 (человек)[1] Группа 17q21.1 Начните 40,140,318 бп[1] Конец 40,172,171 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 11 (мышь)[2] Группа 11 | 11 Д Начните 98,804,905 бп[2] Конец 98,833,814 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • GO: 0001948 связывание с белками • идентичное связывание с белками • связывание ферментов • связывание убиквитин-протеин-лигазы • Связывание РНК Сотовый компонент • цитоплазма • цитозоль • ядерное пятнышко • комплекс экзон-экзонный переход • перинуклеарная область цитоплазмы • ядро клетки • нуклеоплазма • не мембрана • Гранула стресса • дендрит • цитоплазматическая гранула рибонуклеопротеина • проекция клетки • рибонуклеопротеин • Каталитическая сплайсосома стадии 1 U2 • сплайсосомальный комплекс Биологический процесс • транспорт мРНК • обработка мРНК • внутриклеточная локализация мРНК • Сплайсинг РНК • ядерно-транскрибируемый катаболический процесс мРНК, нонсенс-опосредованный распад • регулирование перевода • Сплайсинг мРНК через сплайсосомы • Экспорт РНК из ядра • прекращение транскрипции РНК-полимеразы II • экспорт мРНК из ядра • Обработка 3'-конца мРНК • транспорт • биологический процесс Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Виды	Человек	Мышь
Entrez	22794	192160
Ансамбль	ENSG00000108349	ENSMUSG00000078676
UniProt	O15234	Q8K3W3
RefSeq (мРНК)	NM_007359	NM_138660
RefSeq (белок)	NP_031385	NP_619601
Расположение (UCSC)	Chr 17: 40.14 - 40.17 Мб	Chr 11: 98,8 - 98,83 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Белок CASC3 это белок что у людей кодируется CASC3 ген.^[5][6][7]

Функция

Продукт этого гена является основным компонентом комплекс экзонов (EJC), белковый комплекс, который откладывается на сплайсированных мРНК на переходах экзон-экзон и функции в нонсенс-опосредованный распад мРНК (NMD). Кодируемый белок связывает РНК и взаимодействует с двумя другими основными компонентами EJC. Он преимущественно расположен в цитоплазма, но челноки в ядро где он находится ядерные спеклы.^[7]

использованная литература

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000108349 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000078676 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Tomasetto C, Regnier C, Moog-Lutz C, Mattei MG, Chenard MP, Lidereau R, Basset P, Rio MC (январь 1996 г.). «Идентификация четырех новых человеческих генов, амплифицированных и сверхэкспрессированных в карциноме груди и локализованных в области q11-q21.3 хромосомы 17». Геномика. 28 (3): 367–76. Дои:10.1006 / geno.1995.1163. PMID  7490069.
6. Арриола Е., Маркио С., Тан Д.С., Друри С.К., Ламброс М.Б., Натраджан Р., Родригес-Пинилья С.М., Маккей А., Тамбер Н., Фенвик К., Джонс С., Доусетт М., Эшворт А., Рейс-Филхо Дж.С. (апрель 2008 г.). «Геномный анализ ампликона HER2 / TOP2A в клеточных линиях рака груди и рака груди». Lab Invest. 88 (5): 491–503. Дои:10.1038 / labinvest.2008.19. PMID  18332872.
7. «Ген Entrez: кандидат 3 предрасположенности к раку по CASC3».

внешняя ссылка

• Человек CASC3 расположение генома и CASC3 страница сведений о генах в Браузер генома UCSC.

дальнейшее чтение

• Варис А., Вольф М., Монни О. и др. (2002). «Мишени амплификации и сверхэкспрессии гена 17q при раке желудка». Рак Res. 62 (9): 2625–9. PMID  11980659.
• Дегот С., Ренье С.Х., Вендлинг С. и др. (2002). «Метастатический лимфатический узел 51, новый нуклео-цитоплазматический белок, сверхэкспрессируемый при раке груди». Онкоген. 21 (28): 4422–34. Дои:10.1038 / sj.onc.1205611. PMID  12080473.
• Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 99 (26): 16899–903. Дои:10.1073 / pnas.242603899. ЧВК  139241. PMID  12477932.
• Макки П., Кроенинг С., Паласиос И.М. и др. (2003). «Barentsz, новый компонент частиц рибонуклеопротеина, содержащих Штауфен, в клетках млекопитающих, взаимодействует со Штауфеном РНК-зависимым образом». J. Neurosci. 23 (13): 5778–88. Дои:10.1523 / jneurosci.23-13-05778.2003. ЧВК  6741274. PMID  12843282.
• Ота Т., Сузуки Ю., Нисикава Т. и др. (2004). «Полное секвенирование и характеристика 21 243 полноразмерных кДНК человека». Nat. Genet. 36 (1): 40–5. Дои:10,1038 / ng1285. PMID  14702039.
• Паласиос И.М., Гатфилд Д., Сент-Джонстон Д., Изаурральде Э (2004). «Комплекс, содержащий eIF4AIII, необходимый для локализации мРНК и нонсенс-опосредованного распада мРНК». Природа. 427 (6976): 753–7. Дои:10.1038 / природа02351. PMID  14973490. S2CID  4400243.
• Degot S, Le Hir H, Alpy F и др. (2004). «Ассоциация белка рака молочной железы MLN51 с комплексом соединения экзонов через его спекл-локализатор и модуль связывания РНК». J. Biol. Chem. 279 (32): 33702–15. Дои:10.1074 / jbc.M402754200. PMID  15166247.
• Герхард Д.С., Вагнер Л., Фейнгольд Е.А. и др. (2004). «Статус, качество и расширение проекта NIH полноразмерной кДНК: Коллекция генов млекопитающих (MGC)». Genome Res. 14 (10B): 2121–7. Дои:10.1101 / гр.2596504. ЧВК  528928. PMID  15489334.
• Ким Ю.К., Фурик Л., Desgroseillers L, Maquat LE (2005). «Staufen1 млекопитающих рекрутирует Upf1 на специфические 3'UTR мРНК, чтобы вызвать распад мРНК». Ячейка. 120 (2): 195–208. Дои:10.1016 / j.cell.2004.11.050. PMID  15680326. S2CID  16786108.
• Баллют Л., Маршадье Б., Баге А. и др. (2005). «Основной комплекс соединения экзонов блокируется на РНК за счет ингибирования активности АТФазы eIF4AIII». Nat. Struct. Мол. Биол. 12 (10): 861–9. Дои:10.1038 / nsmb990. PMID  16170325. S2CID  1359792.
• Танге То, Сибуя Т., Юрика М.С., Мур М.Дж. (2006). «Биохимический анализ EJC выявляет два новых фактора и стабильное тетрамерное белковое ядро». РНК. 11 (12): 1869–83. Дои:10.1261 / rna.2155905. ЧВК  1370875. PMID  16314458.
• Кимура К., Вакамацу А., Сузуки Ю. и др. (2006). «Диверсификация транскрипционной модуляции: широкомасштабная идентификация и характеристика предполагаемых альтернативных промоторов генов человека». Genome Res. 16 (1): 55–65. Дои:10.1101 / гр. 4039406. ЧВК  1356129. PMID  16344560.
• Сибуя Т., Танге То, Строуп М.Э., Мур М.Дж. (2006). «Мутационный анализ человеческого eIF4AIII определяет области, необходимые для образования комплекса соединения экзона и нонсенс-опосредованного распада мРНК». РНК. 12 (3): 360–74. Дои:10.1261 / rna.2190706. ЧВК  1383576. PMID  16495234.
• Андерсен CB, Ballut L, Johansen JS и др. (2006). «Структура комплекса ядра соединения экзона с захваченной DEAD-бокс-АТФазой, связанной с РНК». Наука. 313 (5795): 1968–72. Дои:10.1126 / science.1131981. PMID  16931718. S2CID  26409491.
• Олсен Ю.В., Благоев Б., Гнад Ф. и др. (2006). «Глобальная, in vivo и сайт-специфическая динамика фосфорилирования в сигнальных сетях». Ячейка. 127 (3): 635–48. Дои:10.1016 / j.cell.2006.09.026. PMID  17081983. S2CID  7827573.
• Багет А., Дегот С., Кугот Н. и др. (2007). «Метастатический лимфатический узел 51 с соединением экзонов и комплексным компонентом функционирует в сборке стресс-гранул». J. Cell Sci. 120 (Pt 16): 2774–84. Дои:10.1242 / jcs.009225. PMID  17652158.