BitterDB - BitterDB

BitterDB
Database.png
Содержание
Описаниегорький соединения.
Связаться с нами
Исследовательский центрВ Еврейский университет Иерусалима Реховот, Израиль.
ЛабораторияСельскохозяйственный факультет Роберта Смита
АвторыАяна Винер
Основное цитированиеВинер и др. (2012)[1]
Дата выхода2011
Доступ
Интернет сайтhttp://bitterdb.agri.huji.ac.il
инструменты
Интернетвзрыв

В BitterDB это база данных соединений, которые, как сообщается, были вкусными горький людям.[1]

Резюме

Основные вкусовые качества, такие как кислый, соленый, сладкий, горький и умами, служат определенным функциям для идентификации компонентов пищи, содержащихся в рационе людей и животных, и распознаются белками в полости рта. Считается, что распознавание горького вкуса и отвращение к нему защищает организм от употребления ядовитых пищевых соединений, которые часто имеют горечь. Рецепторы горького вкуса выражены не только во рту, но и в экстраоральных тканях. База данных BitterDB, доступная по адресу http://bitterdb.agri.huji.ac.il/bitterdb/, включает более 670 соединений, которые, как сообщается, имеют горький вкус для человека. Соединения можно искать по названию, химической структуре, сходству с другими горькими соединениями, ассоциации с конкретным рецептором горького вкуса человека и так далее. База данных также содержит информацию о мутациях рецепторов горького вкуса, которые, как было показано, влияют на активацию рецепторов горькими соединениями.

Обзор базы данных

Горькие соединения

Искать примеры горьких соединений в BitterDB

BitterDB в настоящее время содержит более 670 соединений, которые в литературе упоминаются как горькие. Для каждого соединения база данных предлагает информацию о его молекулярных свойствах, ссылки на горечь соединения, включая дополнительную информацию о категории горечи соединения (например, аннотации «горько-сладкий» или «слегка горький»), различные идентификаторы соединения (улыбается , Регистрационный номер CAS, систематическое название IUPAC), указание, получено ли соединение из природного источника или синтетическое, ссылка на PubChem запись и различные форматы файлов для загрузки (sdf, изображение, улыбки). Более 200 горьких соединений были экспериментально связаны с соответствующими рецепторами горького вкуса человека. Для этих соединений BitterDB предоставляет дополнительную информацию, включая ссылки на публикации, указывающие на эти взаимодействия лиганд-рецептор, эффективную концентрацию для активации рецептора и / или EC50 value и ссылки на соответствующие записи о рецепторах горького вкуса в BitterDB.

Запросы и просмотр

Горькие соединения можно запрашивать и просматривать по-разному. Например, опция «расширенного поиска» позволяет пользователю находить соединения, которые соответствуют различным критериям, таким как комбинация определенных физических свойств или комбинация ассоциированных рецепторов горького вкуса человека. В дополнение к параметрам запроса пользователь может просматривать сортировку. таблица со всеми соединениями BitterDB.

Рецепторы горького вкуса

Кроме того, BitterDB содержит данные о 25 известных рецепторах горького вкуса человека. Для каждого рецептора отображается несколько свойств. Рецепторы горького вкуса можно искать, используя различные критерии: название, известные лиганды и UniProt инвентарный номер. Используя таблицу, которая представляет все рецепторы горького вкуса и некоторую информацию о них, пользователь может просматривать, а также сортировать по различным параметрам, таким как количество горьких лигандов, связанных с рецептором.

Локальная служба BLAST и глобальное согласование

BitterDB предлагает две дополнительные функции: локальный ВЗРЫВ сервис для определения локального сходства между запросной последовательностью и различными рецепторами горького вкуса человека, а также глобальное сопоставление 25 рецепторов горького вкуса человека. Выравнивание было произведено с использованием ClustalW2, и отображает вторичную структуру каждого рецептора, как это предсказано сервером TOPCONS.

Пользователи могут загружать горькие соединения

BitterDB предлагает опцию «выгрузки», с помощью которой пользователям предлагается отправлять информацию о горьких соединениях. Эти данные будут рассмотрены авторами и соответственно загружены в базу данных. Пользователи могут присоединиться к списку рассылки, чтобы получать обновления базы данных.

Примеры

Смотрите также

использованная литература

  1. ^ а б Винер, Аяна; Шудлер Марина; Левит Анат; Нив Маша Ы (янв 2012). «BitterDB: база данных горьких соединений». Нуклеиновые кислоты Res. Англия. 40 (Выпуск базы данных): D413–9. Дои:10.1093 / nar / gkr755. ЧВК  3245057. PMID  21940398.

внешние ссылки