АМФОРА - AMPHORA
| Разработчики) | Мартин Ву, Джонатан Эйзен и другие. |
|---|---|
| Стабильный выпуск | 2.0 / 2013 |
| Репозиторий |  |
| Написано в | Perl |
| Операционная система | Linux |
| Доступно в | английский |
| Тип | Биоинформатика |
| Лицензия | Стандартная общественная лицензия GNU |
| Интернет сайт | http://wolbachia.biology.virginia.edu/WuLab/Software.html |
АМФОРА («Приложение AutoMated Phylogenomic Infence Application») является Открытый исходный код биоинформатика рабочий процесс.[1][2] AMPHORA2 использует 31 бактерию и 104 архей. филогенетический маркерные гены для вывода филогенетической информации из метагеномный наборы данных. Большинство маркерных генов представляют собой гены с единственной копией, поэтому AMPHORA2 подходит для определения точного таксономического состава сообществ бактерий и архей на основе метагеномных данных. секвенирование дробовика данные.
Первая AMPHORA использовалась для повторного анализа Саргассово море метагеномные данные [3] в 2008 году, но в последнее время все больше и больше наборов метагеномных данных Последовательность чтения архива ждем анализа с AMPHORA2.
АмфораНет
АмфораНет[4] это веб-серверная реализация рабочего процесса AMPHORA2, разработанная Группа Биоинформатики ПИТ. AmphoraNet использует параметры AMPHORA2 по умолчанию.
АмфораVizu
АмфораVizu[5] - это веб-сервер, разработанный PIT Bioinformatics Group, который способен визуализировать выходные данные, созданные AMPHORA2 или его реализацией веб-сервера AmphoraNet.
Рекомендации
- ^ Ву, Мартин; J.A. Эйзен (2008). «Простой, быстрый и точный метод филогеномного вывода». Геном Биол. 9 (10): R151. Дои:10.1186 / gb-2008-9-10-r151. ЧВК 2760878. PMID 18851752.
- ^ Ву, Мартин; А.Дж. Скотт (2012). «Филогеномный анализ бактериальных и архейных последовательностей с помощью AMPHORA2». Биоинформатика. 28 (7): 1033–1034. Дои:10.1093 / биоинформатика / bts079. PMID 22332237.
- ^ Вентер, Дж. Крейг; и другие. (2004). «Экологическое секвенирование генома из дробовика Саргассова моря». Наука. 304 (5667): 66–74. Bibcode:2004Наука ... 304 ... 66V. CiteSeerX 10.1.1.124.1840. Дои:10.1126 / science.1093857. PMID 15001713.
- ^ Керепеси, Чаба; и другие. (2014). «Реализация на веб-сервере набора метагеномных рабочих процессов AMPHORA2». Ген. 533 (2): 538–540. Дои:10.1016 / j.gene.2013.10.015. PMID 24144838.
- ^ Керепеси, Чаба; и другие. (2014). «Визуальный анализ количественного состава метагеномных сообществ: веб-сервер AmphoraVizu». Микробная экология. 69 (3): 695–697. Дои:10.1007 / s00248-014-0502-6. PMID 25296554.