AMFR - AMFR

AMFR
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 2EJS, 2LVN, 2LVO, 2LVP, 2LVQ, 2LXH, 2LXP, 3ФШ, 3H8K, 3TIW, 4G3O, 4LAD
Идентификаторы
Псевдонимы	AMFR, GP78, RNF45, рецептор аутокринного фактора подвижности
Внешние идентификаторы	OMIM: 603243 MGI: 1345634 ГомолоГен: 888 Генные карты: AMFR
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 16 (человек)[1] Группа 16q13 Начинать 56,361,452 бп[1] Конец 56,425,545 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 8 (мышь)[2] Группа 8 C5 | 8 45,96 см Начинать 93,971,588 бп[2] Конец 94,012,842 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • связывание с белками, мостик • привязка шаперона • GO: 1904264, GO: 1904822, GO: 0090622, GO: 0090302 активность убиквитин-протеинлигазы • связывание ионов металлов • активность убиквитин-протеинтрансферазы • активность убиквитин-убиквитинлигазы • GO: 0001948 связывание с белками • связывание убиквитин-специфической протеазы • трансферазная активность • идентичное связывание с белками • Связывание комплекса BAT3 • сигнальная активность рецептора Сотовый компонент • цитоплазма • неотъемлемый компонент мембраны • мембрана • конус роста • неотъемлемый компонент мембраны эндоплазматического ретикулума • тело нейрональной клетки • дендрит • Ретротранслокационный комплекс Дерлин-1 • перинуклеарная область цитоплазмы • ядро клетки • эндоплазматический ретикулум • мембрана эндоплазматического ретикулума • аппарат Гольджи • отделение контроля качества эндоплазматического ретикулума • макромолекулярный комплекс • убиквитинлигазный комплекс • цитозоль Биологический процесс • движение клетки или субклеточного компонента • Путь ERAD • убиквитин-зависимый белковый катаболический процесс • старение • полиубиквитинирование белков • эндоплазматический ретикулум развернутый белковый ответ • убиквитинирование, связанное с белком K48 • олигомеризация белков • убиквитинирование белков • убиквитин-зависимый путь ERAD • обучение или память • положительное регулирование связывания белков • преобразование сигнала • аутоубиквитинирование белков • сворачивание белка • обрезка маннозы эндоплазматического ретикулума Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	267	23802
Ансамбль	ENSG00000159461	ENSMUSG00000031751
UniProt	Q9UKV5	Q9R049
RefSeq (мРНК)	NM_001144 NM_138958 NM_001323511 NM_001323512	NM_011787
RefSeq (белок)	NP_001135 NP_001310440 NP_001310441	NP_035917
Расположение (UCSC)	Chr 16: 56.36 - 56.43 Мб	Chr 8: 93.97 - 94.01 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Рецептор аутокринного фактора моторики, изоформа 2 это белок что у людей кодируется AMFR ген.^[5][6]

Фактор аутокринной подвижности представляет собой белок, стимулирующий подвижность опухоли, секретируемый опухолевыми клетками. Белок, кодируемый этим геном, представляет собой гликозилированный трансмембранный белок и рецептор аутокринного фактора подвижности. Рецептор, который показывает некоторое сходство последовательности с опухолевым белком р53, локализован на переднем и заднем краях клеток карциномы.^[6]

Модельные организмы

Amfr нокаутный фенотип мыши

Характеристика	Фенотип
Гомозигота жизнеспособность	Аномальный
Рецессивный смертельное исследование	Нормальный
Плодородие	Нормальный
Масса тела	Нормальный
Беспокойство	Нормальный
Неврологический осмотр	Нормальный
Сила захвата	Нормальный
Горячая тарелка	Нормальный
Дисморфология	Нормальный
Косвенная калориметрия	Нормальный
Тест толерантности к глюкозе	Нормальный
Слуховой ответ ствола мозга	Нормальный
DEXA	Нормальный
Рентгенография	Нормальный
Температура тела	Нормальный
Морфология глаза	Нормальный
Клиническая химия	Нормальный
Плазма иммуноглобулины	Нормальный
Гематология	Нормальный
Микроядерный тест	Нормальный
Вес сердца	Нормальный
Гистопатология кожи	Нормальный
Гистопатология головного мозга	Нормальный
Гистопатология глаз	Нормальный
Сальмонелла инфекционное заболевание	Нормальный[7]
Citrobacter инфекционное заболевание	Нормальный[8]
Все тесты и анализы от[9][10]

Модельные организмы были использованы при изучении функции AMFR. Условный нокаутирующая мышь линия, называемая Amfr^{tm1a (КОМП) Wtsi[11][12]} был создан как часть Международный консорциум Knockout Mouse программа - проект по мутагенезу с высокой пропускной способностью для создания и распространения моделей болезней на животных среди заинтересованных ученых.^[13][14][15]

Самцы и самки животных прошли стандартизованный фенотипический скрининг для определения последствий удаления.^[9][16] Было проведено 26 испытаний мутант мышей, и наблюдалась одна значительная аномалия: Гомозиготное меньше, чем ожидалось мутантные мыши дожили до отлучение от груди.^[9]

Взаимодействия

AMFR был показан взаимодействовать с Валозин-содержащий белок.^[17][18]

Рекомендации

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000159461 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000031751 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. «Ссылка на Mouse PubMed:». Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Ватанабе Х., Карми П., Хоган В., Раз Т., Силлетти С., Наби И. Р., Раз А. (август 1991 г.). «Очистка фактора аутокринной подвижности опухолевых клеток человека и молекулярное клонирование его рецептора». J Biol Chem. 266 (20): 13442–8. PMID  1649192.
6. «Ген Entrez: рецептор аутокринного фактора подвижности AMFR».
7. "Сальмонелла данные о заражении для Amfr ". Wellcome Trust Институт Сэнгера.
8. "Citrobacter данные о заражении для Amfr ". Wellcome Trust Институт Сэнгера.
9. Гердин А.К. (2010). "Программа генетики Sanger Mouse: характеристика мышей с высокой пропускной способностью". Acta Ophthalmologica. 88: 925–7. Дои:10.1111 / j.1755-3768.2010.4142.x. S2CID  85911512.
10. Портал ресурсов мыши, Институт Wellcome Trust Sanger.
11. «Международный консорциум нокаут-мышей».
12. "Информатика генома мыши".
13. Skarnes, W. C .; Rosen, B .; West, A. P .; Koutsourakis, M .; Бушелл, Вт .; Iyer, V .; Mujica, A.O .; Thomas, M .; Harrow, J .; Cox, T .; Джексон, Д .; Severin, J .; Biggs, P .; Fu, J .; Нефедов, М .; Де Йонг, П. Дж .; Стюарт, А. Ф .; Брэдли, А. (2011). «Ресурс условного нокаута для полногеномного исследования функции генов мыши». Природа. 474 (7351): 337–342. Дои:10.1038 / природа10163. ЧВК  3572410. PMID  21677750.
14. Долгин Э (2011). "Библиотека мыши настроена на нокаут". Природа. 474 (7351): 262–3. Дои:10.1038 / 474262a. PMID  21677718.
15. Коллинз Ф.С., Россант Дж., Вурст В. (2007). «Мышь на все случаи жизни». Клетка. 128 (1): 9–13. Дои:10.1016 / j.cell.2006.12.018. PMID  17218247. S2CID  18872015.
16. ван дер Вейден Л., Уайт Дж. К., Адамс Д. Д., Логан Д. В. (2011). «Набор инструментов генетики мышей: раскрытие функции и механизма». Геном Биол. 12 (6): 224. Дои:10.1186 / gb-2011-12-6-224. ЧВК  3218837. PMID  21722353.
17. Чжун, Сяоянь; Шэнь Юйсянь; Баллар Петек; Апостолоу Андрия; Агами Реувен; Фан Шэнъюнь (октябрь 2004 г.). «ААА-АТФаза p97 / валозин-содержащий белок взаимодействует с gp78, убиквитинлигазой для деградации, связанной с эндоплазматическим ретикулумом». J. Biol. Chem. Соединенные Штаты. 279 (44): 45676–84. Дои:10.1074 / jbc.M409034200. ISSN  0021-9258. PMID  15331598.
18. Ли, Джун Нет; Чжан Сянъюй; Ферамиско Джеймисон Д; Гун И; Е Джин (ноябрь 2008 г.). «Ненасыщенные жирные кислоты ингибируют протеасомную деградацию Insig-1 на стадии постубиквитинирования». J. Biol. Chem. Соединенные Штаты. 283 (48): 33772–83. Дои:10.1074 / jbc.M806108200. ISSN  0021-9258. ЧВК  2586246. PMID  18835813.

внешняя ссылка

• Человек AMFR расположение генома и AMFR страница сведений о генах в Браузер генома UCSC.

дальнейшее чтение

• Хуан Б., Се И, Раз А (1995). «Идентификация вышележащей области, которая контролирует транскрипцию человеческого рецептора аутокринного фактора подвижности». Biochem. Биофиз. Res. Сообщество. 212 (3): 727–42. Дои:10.1006 / bbrc.1995.2031. PMID  7626106.
• Хиллер Л.Д., Леннон Г., Беккер М. и др. (1997). «Создание и анализ 280 000 тегов последовательности, экспрессируемых человеком». Genome Res. 6 (9): 807–28. Дои:10.1101 / гр.6.9.807. PMID  8889549.
• Симидзу К., Тани М., Ватанабе Х. и др. (1999). «Ген рецептора аутокринного фактора подвижности кодирует новый тип семи трансмембранных белков». FEBS Lett. 456 (2): 295–300. Дои:10.1016 / S0014-5793 (99) 00966-7. PMID  10456327. S2CID  39270348.
• Фанг С., Феррон М., Ян С. и др. (2002). «Рецептор аутокринного фактора подвижности опухоли, gp78, представляет собой убиквитин-протеинлигазу, участвующую в деградации эндоплазматического ретикулума». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 98 (25): 14422–7. Bibcode:2001PNAS ... 9814422F. Дои:10.1073 / pnas.251401598. ЧВК  64697. PMID  11724934.
• Луо Й., Лонг Дж. М., Лу С. и др. (2002). «Связь между обучением в лабиринте и экспрессией нейролейкина в гиппокампе и его рецептором gp78». J. Neurochem. 80 (2): 354–61. Дои:10.1046 / j.0022-3042.2001.00707.x. PMID  11902125. S2CID  29857457.
• Тимар Дж., Расо Э., Дёме Б. и др. (2002). «Экспрессия и функция рецептора AMF при меланоме человека в экспериментальных и клинических системах». Clin. Exp. Метастаз. 19 (3): 225–32. Дои:10.1023 / А: 1015595708241. PMID  12067203. S2CID  453423.
• Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 99 (26): 16899–903. Bibcode:2002ПНАС ... 9916899М. Дои:10.1073 / pnas.242603899. ЧВК  139241. PMID  12477932.
• Лян Дж. С., Ким Т., Фанг С. и др. (2003). «Сверхэкспрессия рецептора аутокринного фактора подвижности опухоли Gp78, убиквитин-протеинлигазы, приводит к увеличению убиквитинилирования и снижению секреции аполипопротеина B100 в клетках HepG2». J. Biol. Chem. 278 (26): 23984–8. Дои:10.1074 / jbc.M302683200. PMID  12670940.
• Таканами И., Такеучи К. (2003). «Экспрессия гена рецептора аутокринного фактора подвижности при раке легких». Jpn. J. Thorac. Кардиоваск. Surg. 51 (8): 368–73. Дои:10.1007 / BF02719469. PMID  12962414.
• Ота Т., Сузуки Ю., Нисикава Т. и др. (2004). «Полное секвенирование и характеристика 21 243 полноразмерных кДНК человека». Nat. Genet. 36 (1): 40–5. Дои:10,1038 / ng1285. PMID  14702039.
• Регистр М., Гетц Дж. Г., Сен-Пьер П. и др. (2004). «Продукт гена кДНК убиквитин E3 gp78 / AMFR селективно распознается антителом 3F3A в субдомене эндоплазматического ретикулума». Biochem. Биофиз. Res. Сообщество. 320 (4): 1316–22. Дои:10.1016 / j.bbrc.2004.06.089. PMID  15303277.
• Чжун Х, Шен Й, Баллар П. и др. (2004). «ААА-АТФаза p97 / валозин-содержащий белок взаимодействует с gp78, убиквитинлигазой для деградации, связанной с эндоплазматическим ретикулумом». J. Biol. Chem. 279 (44): 45676–84. Дои:10.1074 / jbc.M409034200. PMID  15331598.
• Герхард Д.С., Вагнер Л., Фейнгольд Е.А. и др. (2004). «Статус, качество и расширение проекта NIH полноразмерной кДНК: Коллекция генов млекопитающих (MGC)». Genome Res. 14 (10B): 2121–7. Дои:10.1101 / гр.2596504. ЧВК  528928. PMID  15489334.
• Песня BL, Север N, ДеБоз-Бойд Р.А. (2005). «Gp78, мембранно-заякоренная убиквитинлигаза, ассоциируется с Insig-1 и связывает стерин-регулируемое убиквитинирование с деградацией HMG-CoA-редуктазы». Мол. Клетка. 19 (6): 829–40. Дои:10.1016 / j.molcel.2005.08.009. PMID  16168377.
• Кайнак К., Кара М., Оз Б. и др. (2006). «Экспрессия рецепторов аутокринного фактора подвижности предполагает неблагоприятный прогноз при резекции легочных аденокарцином I стадии». Acta Chir. Бельг. 105 (4): 378–82. Дои:10.1080/00015458.2005.11679740. PMID  16184720. S2CID  3032480.
• Йе Й, Шибата Й, Киккерт М. и др. (2006). «Инаугурационная статья: Рекрутирование АТФазы p97 и убиквитинлигаз в сайт ретротранслокации на мембране эндоплазматического ретикулума». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 102 (40): 14132–8. Bibcode:2005PNAS..10214132Y. Дои:10.1073 / pnas.0505006102. ЧВК  1242302. PMID  16186510.
• Чен Б., Мариано Дж., Цай Ю.С. и др. (2006). «Активность деградации E3, связанной с эндоплазматическим ретикулумом человека, gp78, требует его Cue-домена, RING-пальца и сайта связывания E2». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 103 (2): 341–6. Bibcode:2006ПНАС..103..341С. Дои:10.1073 / pnas.0506618103. ЧВК  1326157. PMID  16407162.
• Хага А., Танака Н., Фунасака Т. и др. (2006). «Комбинация аутокринного фактора подвижности (AMF) и AMF-рецептора требует способности распознавания сахарной цепи и взаимодействия с использованием C-концевой области AMF». J. Mol. Биол. 358 (3): 741–53. Дои:10.1016 / j.jmb.2006.02.046. PMID  16563432.
• Шен Й, Баллар П., Фанг С. (2006). «Убиквитинлигаза gp78 увеличивает растворимость и способствует деградации Z-варианта альфа-1-антитрипсина». Biochem. Биофиз. Res. Сообщество. 349 (4): 1285–93. Дои:10.1016 / j.bbrc.2006.08.173. PMID  16979136.