Αr15 РНК - αr15 RNA

αr15 представляет собой семейство бактериальных малых некодирующих РНК с представителями широкой группы α-протеобактерий отряда Rhizobiales. Первые члены этого семейства (smr15C1 и smrC15C2) были обнаружены тандемно расположенными в одной межгенной области (IGR) Sinorhizobium meliloti 1021 хромосома (С).^[1] Дальнейший анализ гомологии и консервации структуры позволил идентифицировать полноразмерные гомологи Smr15C1 и Smr15C2 в нескольких азотфиксирующих симбиотических ризобиях (т.е. R. leguminosarum bv. Viciae, R. leguminosarum bv. трифоли, Р. этли, и несколько Мезоризобий видов), в патогенах растений, относящихся к Агробактерии виды (т.е. А. tumefaciens, A. vitis, А. radiobacter, и Агробактерии H13), а также в широком спектре Brucella разновидность (B. ovis, B. canis, Б. abortus и Б. микротис, и несколько биоваров B. melitensis). Гомологи Smr15C1 (115 нуклеотидов) и Smr15C2 (121 нуклеотидов) также кодируются тандемно в одной и той же области IGR Ризобий и Агробактерии видов, тогда как у видов Brucella локусы αr15C распространены в IGR хромосомы I. Кроме того, этот анализ также идентифицировал третий локус αr15 во внехромосомных репликонах упомянутых азотфиксирующих α-протеобактерий и в хромосоме II Brucella разновидность. Виды αr15 РНК имеют длину 99–121 нуклеотид (Таблица 1) и имеют четко определенную общую вторичную структуру, состоящую из трех петель ствола (Рисунок 1). Транскрипты семейства αr15 могут быть каталогизированы как транс-активные мРНК, кодируемые независимыми единицами транскрипции с узнаваемыми промоторами и сигнатурами терминации транскрипции в межгенных областях (IGR) геномов α-протеобактерий (рис. 5).

Открытие и структура

Smr15C1 y Smr15C2 мРНК были описаны del Val et al.,^[1] в результате вычислительного сравнительного геномного подхода в межгенных регионах (IGR) эталонного S. meliloti 1021 штамм (http://iant.toulouse.inra.fr/bacteria/annotation/cgi/rhime.cgi ). Хотя первичная нуклеотидная последовательность Smr15C1 y Smr15C2 показала высокое сходство (84% идентичности), можно было сконструировать специфические зонды для каждой мРНК, которые выявляли транскрипты разного размера и профилей экспрессии.^[1]

Эксперименты с 5’-RACE на основе TAP картировали сайты начала транскрипции Smr15C1 и Smr15C2 (TSS) в S. meliloti 1021 геном (http://iant.toulouse.inra.fr/bacteria/annotation/cgi/rhime.cgi ). TSS Smr15C1 был картирован в хромосомном положении 1698731 нуклеотидов, а TSS Smr15C2 - в нуклеотиде 1698937. Предполагалось, что 3'-концы расположены в 1698617 нуклеотидах и 1698817 нуклеотидах соответственно, что соответствует последнему остатку последовательного участка Us добросовестный Rho-независимый терминатор (рис. 5). Параллельное и более позднее обучение,^[2][3] в котором транскрипты Smr15C1 и Smr15C2 упоминаются как две копии sra41 или Sm3 / Sm3 ', независимо подтвердили экспрессию этих мРНК в S. melilloti и его близкородственный штамм 2011. Недавняя характеристика фракции малой РНК (50-350 нуклеотидов) на основе глубокого секвенирования S. meliloti 2011 также выявил экспрессию Smr15C1 и Smr15C2, здесь обозначенных как SmelC411 и SmelC412 соответственно, картируя 5’- и 3´-концы полноразмерных транскриптов по существу в тех же положениях, что и del Val et al. в S. meliloti 1021 хромосома. Однако это исследование идентифицировало дополнительный TSS для Smr15C2 в позиции 1698948.^[4]

Нуклеотидные последовательности Smr15C1 и Smr15C2 изначально использовались в качестве запроса для поиска в базе данных Rfam (версия 10.0; http://rfam.xfam.org ). Этот поиск выявил частичную гомологию обоих транскриптов, ограниченную второй шпилькой и Rho-независимым терминатором, с семейством РНК RF00519, известным как suhB (http://rfam.xfam.org/family/RF00519 ). Однако в этой базе данных не было найдено структурных гомологов полноразмерных мРНК.

Обе S.melilloti αr15 мРНК также подвергали BLAST-анализу с параметрами по умолчанию против всех доступных в настоящее время бактериальных геномов (1615 последовательностей на 20 апреля 2011 г .; https://www.ncbi.nlm.nih.gov ). Области, проявляющие значительную гомологию с запрашиваемой последовательностью (сходство 78-89%), были извлечены для создания модели ковариации (CM) из выравнивания семян с использованием Infernal (версия 1.0).^[5] (Фигура 2). Этот КМ был использован в дальнейшем поиске новых членов семейства αr15 в существующих базах данных бактериального генома.

Рисунок 2: Модель ковариации в стокгольмском формате, показывающая консенсусную структуру для семейства αr15. Каждый стержень, представленный структурной линией # = GC SS_cons, имеет другой цвет, соответствующий красному цвету стержню независимого терминатора rho. Модель ковариации в стокгольмском формате можно скачать здесь.

Таблица 1: Гомологи Smr15C1 и Smr15C2 у других симбионтов и патогенов

Модель CM	Имя	Регистрационный номер GI	начинать	конец	прядь	% GC	длина	Организм
αr15	Smr15C1	gi | 15963753 | ссылка | NC_003047.1 |	1698617	1698731	-	54	115	Sinorhizobium meliloti 1021
αr15	Smr15C2	gi | 15963753 | ссылка | NC_003047.1 |	1698817	1698937	-	50	121	Sinorhizobium meliloti 1021
αr15	Smr15A	gi | 16262453 | ссылка | NC_003037.1 |	552873	552984	+	51	112	Sinorhizobium meliloti 1021 плазмида pSymA
αr15	Смедр15С1	gi | 150395228 | ссылка | NC_009636.1 |	1337011	1337126	-	53	116	Sinorhizobium medicae Хромосома WSM419
αr15	Смедр15С2	gi | 150395228 | ссылка | NC_009636.1 |	1337212	1337331	-	50	120	Sinorhizobium medicae Хромосома WSM419
αr15	Смедр15п03	gi | 150378263 | ссылка | NC_009622.1 |	40054	40165	-	52	112	Sinorhizobium medicae Плазмида pSMED03 WSM419
αr15	Sfr15C1	gi | 227820587 | ссылка | NC_012587.1 |	1612511	1612626	-	59	116	Sinorhizobium fredii Хромосома NGR234
αr15	Sfr15C2	gi | 227820587 | ссылка | NC_012587.1 |	1612711	1612830	-	51	120	Sinorhizobium fredii Хромосома NGR234
αr15	Sfr15b	gi | 227818258 | ссылка | NC_012586.1 |	134078	134190	-	55	113	Sinorhizobium fredii Плазмида NGR234 pNGR234b
αr15	Atr15C1	gi | 159184118 | ссылка | NC_003062.2 |	2163254	2163370	+	53	117	Agrobacterium tumefaciens ул. Круглая хромосома C58
αr15	Atr15C2	gi | 159184118 | ссылка | NC_003062.2 |	2163454	2163554	+	57	101	Agrobacterium tumefaciens ул. Круглая хромосома C58
αr15	AH13r15C1	gi | 325291453 | ссылка | NC_015183.1 |	2112823	2112939	+	52	117	Агробактерии sp. Хромосома H13-3
αr15	AH13r15C2	gi | 325291453 | ссылка | NC_015183.1 |	2113023	2113121	+	54	99	Агробактерии sp. Хромосома H13-3
αr15	AH13r15a	gi | 325168279 | ссылка | NC_015184.1 |	211698	211807	-	53	110	Агробактерии sp. Плазмида H13-3 pAspH13-3a
αr15	ReCIATr15C1	gi | 190889639 | ссылка | NC_010994.1 |	3155217	3155332	+	51	116	Rhizobium etli CIAT 652
αr15	ReCIATr15C2	gi | 190889639 | ссылка | NC_010994.1 |	3155440	3155555	+	48	116	Rhizobium etli CIAT 652
αr15	ReCIATr15pC	gi | 190894340 | ссылка | NC_010997.1 |	941345	941452	+	53	108	Rhizobium etli Плазмида CIAT 652 pC
αr15	ReCIATr15B	gi | 190893983 | ссылка | NC_010996.1 |	187927	188041	-	50	115	Rhizobium etli Плазмида CIAT 652 pB
αr15	Arr15CI1	gi | 222084201 | ссылка | NC_011985.1 |	2506215	2506331	+	52	117	Agrobacterium radiobacter K84 хромосома 1
αr15	Arr15CI2	gi | 222084201 | ссылка | NC_011985.1 |	2506418	2506534	+	54	117	Agrobacterium radiobacter K84 хромосома 1
αr15	Arr15CII	gi | 222080781 | ссылка | NC_011983.1 |	1011511	1011624	-	57	114	Agrobacterium radiobacter K84 хромосома 2
αr15	Rlt2304r15C1	gi | 209547612 | ссылка | NC_011369.1 |	2770612	2770727	+	50	116	Rhizobium leguminosarum bv. хромосома trifolii WSM2304
αr15	Rlt2304r15C2	gi | 209547612 | ссылка | NC_011369.1 |	2770835	2770949	+	50	115	Rhizobium leguminosarum bv. хромосома trifolii WSM2304
αr15	Avr15CI1	gi | 222147015 | ссылка | NC_011989.1 |	2608532	2608647	+	54	116	Agrobacterium vitis S4 хромосома 1
αr15	Avr15CI2	gi | 222147015 | ссылка | NC_011989.1 |	2608739	2608839	+	46	101	Agrobacterium vitis S4 хромосома 1
αr15	Avr15Atc	gi | 222083145 | ссылка | NC_011984.1 |	122624	122736	-	50	113	Agrobacterium vitis Плазмида S4 pAtS4c
αr15	Avr15Ate	gi | 222102412 | ссылка | NC_011981.1 |	198928	199039	+	51	112	Agrobacterium vitis S4 плазмида pAtS4e
αr15	Avr15Ti	gi | 222080117 | ссылка | NC_011982.1 |	52286	52397	-	57	112	Agrobacterium vitis Плазмида S4 pTiS4
αr15	Rlvr15C1	gi | 116249766 | ссылка | NC_008380.1 |	3605490	3605605	+	51	116	Rhizobium leguminosarum bv. Viciae 3841
αr15	Rlvr15C2	gi | 116249766 | ссылка | NC_008380.1 |	3605714	3605829	+	48	116	Rhizobium leguminosarum bv. Viciae 3841
αr15	Rlvr15p10	gi | 116254467 | ссылка | NC_008381.1 |	138799	138912	+	56	114	Rhizobium leguminosarum bv. viciae 3841 плазмида pRL10
αr15	Rlvr15p11	gi | 116255200 | ссылка | NC_008384.1 |	567053	567166	-	53	114	Rhizobium leguminosarum bv. viciae 3841 плазмида pRL11
αr15	Rlt1325r15C1	gi | 241202755 | ссылка | NC_012850.1 |	2981275	2981390	+	50	116	Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325
αr15	Rlt1325r15C2	gi | 241202755 | ссылка | NC_012850.1 |	2981499	2981613	+	50	115	Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325
αr15	Rlt1325r15p02	gi | 241666492 | ссылка | NC_012858.1 |	36176	36289	+	51	114	Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325 плазмида pR132502
αr15	ReCFNr15C1	gi | 86355669 | ссылка | NC_007761.1 |	3117667	3117782	+	50	116	Rhizobium etli CFN 42
αr15	ReCFNr15C2	gi | 86355669 | ссылка | NC_007761.1 |	3117890	3118004	+	50	115	Rhizobium etli CFN 42
αr15	ReCFNr15d	gi | 89255298 | ссылка | NC_004041.2 |	172760	172874	-	50	115	Rhizobium etli Симбиотическая плазмида CFN 42 p42d
αr15	ReCFNr15a	gi | 86359705 | ссылка | NC_007762.1 |	157296	157409	+	56	114	Rhizobium etli CFN 42 плазмида p42a
αr15	Mlr15a	gi | 13488050 | ссылка | NC_002679.1 |	65044	65154	-	51	111	Mesorhizobium loti MAFF303099 плазмида pMLa
αr15	Bcr15CII	gi | 161620094 | ссылка | NC_010104.1 |	707465	707572	+	56	108	Brucella canis АТСС 23365 хромосома II
αr15	Bcr15CI1	gi | 161617991 | ссылка | NC_010103.1 |	1379297	1379398	-	51	102	Brucella canis АТСС 23365 хромосома I
αr15	Bcr15CI2	gi | 161617991 | ссылка | NC_010103.1 |	1451969	1452087	-	50	119	Brucella canis АТСС 23365 хромосома I
αr15	Bs23445r15CI1	gi | 163842277 | ссылка | NC_010169.1 |	1401085	1401186	-	51	102	Brucella suis ATCC 23445 хромосома I
αr15	Bs23445r15CI2	gi | 163842277 | ссылка | NC_010169.1 |	1473791	1473909	-	50	119	Brucella suis ATCC 23445 хромосома I
αr15	Bs23445r15CII	gi | 163844199 | ссылка | NC_010167.1 |	696081	696188	+	56	108	Brucella suis ATCC 23445 хромосома II
αr15	Bm16Mr15CI	gi | 17986284 | ссылка | NC_003317.1 |	607684	607785	+	51	102	Brucella melitensis bv. 1 ул. 16M хромосома I
αr15	Bm16Mr15CII	gi | 17988344 | ссылка | NC_003318.1 |	589501	589608	-	56	108	Brucella melitensis bv. 1 ул. 16M хромосома II
αr15	BaS19r15CII	gi | 189022234 | ссылка | NC_010740.1 |	508055	508162	-	56	108	Бруцелла абортус S19 хромосома 2
αr15	BaS19r15CI1	gi | 189023268 | ссылка | NC_010742.1 |	1396794	1396895	-	51	102	Бруцелла абортус S19 хромосома 1
αr15	BaS19r15CI2	gi | 189023268 | ссылка | NC_010742.1 |	1469407	1469525	-	50	119	Бруцелла абортус S19 хромосома 1
αr15	Bm23457r15CII	gi | 225685871 | ссылка | NC_012442.1 |	687290	687397	+	56	108	Brucella melitensis АТСС 23457 хромосома II
αr15	Bm23457r15CI	gi | 225851546 | ссылка | NC_012441.1 |	1400641	1400742	-	51	102	Brucella melitensis АТСС 23457 хромосома I
αr15	Bs1330r15CII	gi | 56968493 | ​​ссылка | NC_004311.2 |	708185	708292	+	56	108	Brucella suis 1330 хромосома II
αr15	Bs1330r15CI1	gi | 56968325 | ссылка | NC_004310.3 |	1380381	1380482	-	51	102	Brucella suis 1330 хромосома I
αr15	Bs1330r15CI2	gi | 56968325 | ссылка | NC_004310.3 |	1453011	1453129	-	50	119	Brucella suis 1330 хромосома I
αr15	Ba19941r15CI1	gi | 62288991 | ссылка | NC_006932.1 |	1398464	1398565	-	51	102	Бруцелла абортус bv. 1 ул. 9-941 хромосома I
αr15	Ba19941r15CI2	gi | 62288991 | ссылка | NC_006932.1 |	1471073	1471191	-	50	119	Бруцелла абортус bv. 1 ул. 9-941 хромосома I
αr15	Ba19941r15CII	gi | 62316961 | ссылка | NC_006933.1 |	508851	508958	-	56	108	Бруцелла абортус bv. 1 ул. 9-941 хромосома II
αr15	Bmar15CII	gi | 83268957 | ссылка | NC_007624.1 |	508839	508946	-	56	108	Brucella melitensis биовар Abortus 2308 хромосома II
αr15	Bmar15CI1	gi | 82698932 | ссылка | NC_007618.1 |	1395614	1395715	-	51	102	Brucella melitensis биовар Abortus 2308 хромосома I
αr15	Bmar15CI2	gi | 82698932 | ссылка | NC_007618.1 |	1468227	1468345	-	50	119	Brucella melitensis биовар Abortus 2308 хромосома I
αr15	Bor15CI1	gi | 148558820 | ссылка | NC_009505.1 |	1387928	1388029	-	50	102	Brucella ovis ATCC 25840 хромосома I
αr15	Bor15CI2	gi | 148558820 | ссылка | NC_009505.1 |	1460506	1460624	-	50	119	Brucella ovis ATCC 25840 хромосома I
αr15	Bor15CII	gi | 148557829 | ссылка | NC_009504.1 |	709415	709524	+	54	110	Brucella ovis ATCC 25840 хромосома II
αr15	Bmir15CII	gi | 256014795 | ссылка | NC_013118.1 |	709102	709209	+	56	108	Бруцелла микроти CCM 4915 хромосома 2
αr15	Bmir15CI1	gi | 256368465 | ссылка | NC_013119.1 |	1387776	1387877	-	51	102	Бруцелла микроти CCM 4915 хромосома 1
αr15	Bmir15CI2	gi | 256368465 | ссылка | NC_013119.1 |	1461298	1461416	-	50	119	Бруцелла микроти CCM 4915 хромосома 1
αr15	Oar15CI	gi | 153007346 | ссылка | NC_009667.1 |	1751482	1751598	+	49	117	Ochrobactrum anthropi ATCC 49188 хромосома 1
αr15	Весло15CII	gi | 153010078 | ссылка | NC_009668.1 |	1270083	1270191	+	56	109	Ochrobactrum anthropi ATCC 49188 хромосома 2
αr15	Весло15p02	gi | 153011934 | ссылка | NC_009670.1 |	22208	22320	+	54	113	Ochrobactrum anthropi Плазмида pOANT02 ATCC 49188

Результаты были проверены вручную, чтобы вывести консенсусную вторичную структуру для семейства (рисунок 1 и рисунок 2). Структура консенсуса также была независимо предсказана с помощью программы locARNATE.^[6] сравнение полученных прогнозов. Ручная проверка последовательностей, найденных с помощью CM с помощью Infernal, позволила найти 38 истинных гомологов в филогенетически связанных геномах α-протеобактерий. 26 ближайших членов семейства αr15 были обнаружены как тандем в одних и тех же хромосомных IGR для следующих видов, кроме S. melilloti:

• Sinorhizobium разновидность: S. medicae и С. фреди
• Ризобий виды: два R. leguminosarum trifolii (WSM304 и WSM35), два Р. этли штаммы CFN 42 и CIAT 652, эталонные R. leguminosarum bv. Viciae 3841 штамм
• Агробактерии разновидность: A. vitis,А. tumefaciens, А. radiobacter и A. H13

Все эти последовательности показали значительные битовые оценки и адские E-значения (1.71e-28 - 2.03e-20). Однако плазмидные копии всех упомянутых геномов α-протеобактерий и тех членов αr15, кодируемых Brucella разновидность (B. ovis, B. canis, Б. abortus, Б. микротис, и несколько биоваров B. melitensis), Ochrobactrum anthropi и Mesorhizobium lotiпоказали высокие E-значения между (1e-19 и 8e-03), но очень низкие битовые оценки.

Рисунок 1: Консенсусная вторичная структура Smr15C1, Smr15C2 и семейства αr15, предсказанная РНК^[7] и RNAalifold.^[8] Smr15C1 и Smr15C2 раскрашены по базовой вероятностной схеме. Окрашивание структуры семейства αr15 следует схеме сохранения пар оснований: красный: пара оснований встречается во всех последовательностях, используемых для создания консенсуса; желтый: происходит два типа спаривания оснований; Зеленый: происходит три типа спаривания оснований. Затенение пар оснований означает: насыщенные, несогласованные последовательности; Бледный, одна противоречивая последовательность; Очень бледные, две противоречивые последовательности.

Рисунок 3: Филогенетическое распределение известных и предсказанных генов αr9. Числа генов основаны на компьютерном анализе с использованием программы Infernal. Легенда: Smr15C1 = Sinorhizobium meliloti 1021 (NC_003047), Smr15C2 = Sinorhizobium meliloti 1021 (NC_003047), Smr15A = Sinorhizobium meliloti 1021 плазмида pSymA (NC_003037), Smedr15C1 = Sinorhizobium medicae Хромосома WSM419 (NC_009636), Smedr15C2 = Sinorhizobium medicae Хромосома WSM419 (NC_009636), Smedr15p03 = Sinorhizobium medicae Плазмида pSMED03 WSM419 (NC_009622), Sfr15C1 = Sinorhizobium fredii Хромосома NGR234 (NC_012587), Sfr15C2 = Sinorhizobium fredii Хромосома NGR234 (NC_012587), Sfr15b = Sinorhizobium fredii Плазмида NGR234 pNGR234b (NC_012586), Atr15C2 = Agrobacterium tumefaciens ул. Круглая хромосома C58 (NC_003062), Atr15C1 = Agrobacterium tumefaciens ул. Круглая хромосома C58 (NC_003062), AH13r15C2 = Агробактерии sp. Хромосома H13-3 (NC_015183), AH13r15C1 = Агробактерии sp. Хромосома H13-3 (NC_015183), AH13r15a = Агробактерии sp. Плазмида H13-3 pAspH13-3a (NC_015184), ReCIATr15C2 = Rhizobium etli CIAT 652 (NC_010994), ReCIATr15C1 = Rhizobium etli CIAT 652 (NC_010994), ReCIATr15pC = Rhizobium etli Плазмида pC CIAT 652 (NC_010997), ReCIATr15B = Rhizobium etli Плазмида pB CIAT 652 (NC_010996), Arr15CI2 = Agrobacterium radiobacter K84 хромосома 1 (NC_011985), Arr15CI1 = Agrobacterium radiobacter K84 хромосома 1 (NC_011985), Arr15CII = Agrobacterium radiobacter K84 хромосома 2 (NC_011983), Rlt2304r15C2 = Rhizobium leguminosarum bv. trifolii хромосома WSM2304 (NC_011369), Rlt2304r15C1 = Rhizobium leguminosarum bv. trifolii хромосома WSM2304 (NC_011369), Avr15C2 = Agrobacterium vitis S4 хромосома 1 (NC_011989), Avr15C1 = Agrobacterium vitis S4 хромосома 2 (NC_011989), Avr15pAtc = Agrobacterium vitis Плазмида S4 pAtS4c (NC_011984), Avr15Ate = Agrobacterium vitis S4 плазмида pAtS4e (NC_011981), Avr15Ti = Agrobacterium vitis Плазмида S4 pTiS4 (NC_011982), Rlvr15C2 = Rhizobium leguminosarum bv. viciae 3841 (NC_008380), Rlvr15C1 = Rhizobium leguminosarum bv. viciae 3841 (NC_008380), Rlvr15p10 = Rhizobium leguminosarum bv. viciae 3841 плазмида pRL10 (NC_008381), Rlvr15p11 = Rhizobium leguminosarum bv. viciae 3841 плазмида pRL11 (NC_008384), Rlt1325r15C2 = Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325 (NC_012850), Rlt1325r15C1 = Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325 (NC_012850), Rlt1325r15p02 = Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325 плазмида pR132502 (NC_012858), ReCFNr15C2 = Rhizobium etli CFN 42 (NC_007761), ReCFNr15C1 = Rhizobium etli CFN 42 (NC_007761), ReCFNr15d = Rhizobium etli Симбиотическая плазмида CFN 42 p42d (NC_004041), ReCFNr15a = Rhizobium etli CFN 42 плазмида p42a (NC_007762), Mlr15a = Mesorhizobium loti MAFF303099 плазмида pMLa (NC_002679), Bcr15CII = Brucella canis АТСС 23365 хромосома II (NC_010104), Bcr15CI2 = Brucella canis ATCC 23365 хромосома I (NC_010103), Bcr15CI1 = Brucella canis Хромосома I ATCC 23365 (NC_010103), Bs23445r15CI2 = Brucella suis ATCC 23445 хромосома I (NC_010169), Bs23445r15CI1 = Brucella suis ATCC 23445 хромосома I (NC_010169), Bs23445r15CII = Brucella suis ATCC 23445 хромосома II (NC_010167), Bm16MCI = Brucella melitensis bv. 1 ул. 16M хромосома I (NC_003317), Bm16Mr15CII = Brucella melitensis bv. 1 ул. 16M хромосома II (NC_003318), BaS19r15CII = Бруцелла абортус S19 хромосома 2 (NC_010740), BaS19r15CI2 = Бруцелла абортус S19 хромосома 1 (NC_010742), BaS19r15CI1 = Бруцелла абортус S19 хромосома 1 (NC_010742), Bm23457r15CII = Brucella melitensis АТСС 23457 хромосома II (NC_012442), Bm23457r15CI = Brucella melitensis АТСС 23457 хромосома I (NC_012441), Bs1330r15CII = Brucella suis 1330 хромосома II (NC_004311), Bs1330r15CI2 = Brucella suis 1330 хромосома I (NC_004310), Bs1330r15CI1 = Brucella suis 1330 хромосома I (NC_004310), Ba19941r15CI2 = Бруцелла абортус bv. 1 ул. 9-941 хромосома I (NC_006932), Ba19941r15CI1 = Бруцелла абортус bv. 1 ул. 9-941 хромосома I (NC_006932), Ba19941r15CII = Бруцелла абортус bv. 1 ул. 9-941 хромосома II (NC_006933), Bmar15CII = Brucella melitensis биовар Abortus 2308 хромосома II (NC_007624), Bmar15CI2 = Brucella melitensis биовар Abortus 2308 хромосома I (NC_007618), Bmar15CI1 = Brucella melitensis биовар Abortus 2308 хромосома I (NC_007618), Bor15CI2 = Brucella ovis ATCC 25840 хромосома I (NC_009505), Bor15CI1 = Brucella ovis ATCC 25840 хромосома I (NC_009505), Bor15CII = Brucella ovis ATCC 25840 хромосома II (NC_009504), Bmir15CII = Бруцелла микроти CCM 4915 хромосома 2 (NC_013118), Bmr15CI2 = Бруцелла микроти CCM 4915 хромосома 1 (NC_013119), Bmir15CI1 = Бруцелла микроти CCM 4915 хромосома 1 (NC_013119), Oar15CI = Ochrobactrum anthropi ATCC 49188 хромосома 1 (NC_009667), Oar15CII = Ochrobactrum anthropi АТСС 49188 хромосома 2 (NC_009668).

Выражение и функциональная информация

Несколько исследований оценили экспрессию Smr15C1 и Smr15C2 в S. meliloti 1021 в разных биологических условиях; то есть рост бактерий в TY, минимальной среде (MM) и бульоне лютеолин-MM и эндосимбиотических бактериях (т.е. зрелых симбиотических клубеньках люцерны),^[1] высокий солевой стресс, окислительный стресс, стрессы от холодного и горячего шока.^[3] Результаты показали разные профили экспрессии для обеих мРНК,^[1] что согласуется с их организацией в независимых и дифференциально регулируемых единиц транскрипции в пределах одной и той же IGR (Рисунок 4 и Рисунок 5).

Было обнаружено, что экспрессия Smr15C1 и Smr15C2 у свободноживущих бактерий зависит от роста, но противоположным образом. В то время как Smr15C1 накапливается в стационарной фазе, Smr15C2 есть. Экспрессия Smr15C1 и Smr15C2 в свободноживущих бактериях оказалась зависимой от роста, но противоположным образом. В то время как Smr15C1 накапливается в стационарной фазе, Smr15C2 предпочтительно экспрессируется в логарифмических бактериальных культурах.^[1] Кроме того, Schlüter et al.^[4] недавно описали активацию Smr15C2 при холодовом шоковом стрессе, тогда как эффекты понижения температуры не наблюдались в экспрессии Smr15C1. Зависящие от роста противоположные профили экспрессии Smr15C1 и Smr15C2 не наблюдались в их Agrobacterium tumefaciens аналоги, обозначенные как AbcR1 и AbcR2, Wilms et al. (Atr15C1 и Atr15C2 в этой работе). AbcR1 и AbcR2 индуцируются одновременно, и оба накапливаются в стационарной фазе.^[9] Такое поведение согласуется с тем фактом, что AbcR1 и AbcR2 имеют идентичные промоторные последовательности, которые очень похожи на последовательность Smr15C2, но не на промоторную последовательность Smr15C1 (см. Анализ промотора ). Более того, первый подход к функции генов AbcR показал, что эти мРНК подавляют систему захвата ГАМК посредством подавления соответствующих генов транспортеров ABC Hfq-зависимым образом.^[9] ГАМК является одним из сигналов растений, распознаваемых ризобактериями при некоторых взаимодействиях растений с бактериями. Таким образом, эти результаты указывают на отключение синтеза системы захвата ГАМК как на способ, используемый A. tumefaciens для подрыва защитного механизма растений.

Недавний эксперимент по совместной иммунопреципитации^[10] показали, что оба, Smr15C1 и Smr15C2, действительно связывают S. meliloti РНК-шаперон Hfq, подтверждающий также роль этих транскриптов в этой бактерии как транс-действующие антисмысловые риборегуляторы. также было показано, что они точно регулируют усвоение питательных веществ.^[11]

Анализ промоутера

Все локусы αr15 имеют узнаваемые σ⁷⁰-зависимые промоторы, демонстрирующие консенсусный мотив -35 / -10 CTTGAC-n17-CTATAT, который, как ранее было показано, широко консервативен среди нескольких других родов в α-подгруппе протеобактерий.^[12] А множественное выравнивание последовательностей этих промоторных областей выявили консервативный участок последовательности, простирающийся до 80 п.н. выше сайта начала транскрипции во всех локусах αr15, за исключением S. meliloti, S.fredii и S. medicae Промоторы αr15C1.

Чтобы определить сайты связывания для других известных факторов транскрипции, мы использовали последовательности fasta, предоставленные RegPredict.^[13](http://regpredict.lbl.gov/regpredict/help.html ) и использовали те матрицы весовых коэффициентов позиции (PSWM), предоставленные RegulonDB.^[14] (http://regulondb.ccg.unam.mx ). Мы построили PSWM для каждого фактора транскрипции из последовательностей RegPredict с помощью программы Consensus / Patser, выбрав наилучшую окончательную матрицу для длины мотивов от 14 до 30 бит / с, было установлено пороговое среднее значение E <10E-10 для каждой матрицы (см. " Пороговый консенсус "в http://gps-tools2.its.yale.edu ). Кроме того, мы провели поиск консервативных неизвестных мотивов с использованием цМема^[15] (http://meme.sdsc.edu/meme4_6_1/intro.html ) и использовали расслабленные регулярные выражения (т. е. сопоставление с образцом) для всех промоторов гомологов αr15.

Эти исследования выявили разницу в регулировании между S. melilloti, S.fredii и S. medicae мРНК αr15C1 и остальные члены семейства αr15 независимо от группы их происхождения (Ризобий или же Агробактерии ) и геномной локализации (αr15C1, αr15C2, αr15 плазмида) (Рисунок 4).

Остальные члены семейства представили очень хорошо консервативную область длиной 30 п.н. между положениями -36 и -75. Эта консервативная область была использована для запроса баз данных известных мотивов факторов транскрипции с помощью TomTom,^[16] наиболее подходящим мотивом был SMb20667_Rhizobiales, мотив, принадлежащий RegTransBase (http://regtransbase.lbl.gov/cgi-bin/regtransbase?page=main ). Smb20667 соответствует сайту связывания регулятора метаболизма дикарбоксилата у Rhizobiales, который принадлежит к семейству LacI. Этот мотив был идентифицирован кластеризацией генов тартратдегидрогеназы, сукцинат-полуальдегиддегидрогеназы, 3-гидроксиизобутиратдегидрогеназы и гидроксипируват-изомеразы в S. meliloti, и несколько Ризобии и он отмечен на рисунке выравнивания промотора (рис. 5) оранжевой рамкой. Кроме того, была обнаружена другая консервативная последовательность с использованием MEME в промоторной области Sinorhizobium вид αr15C1. Эта консервативная область была использована для запроса баз данных известных мотивов факторов транскрипции с помощью TomTom, и наиболее подходящим мотивом был SMb20537_Rhizobiales (рис. 5, выделенный красным), который также идентифицирует сайт связывания для регулятора утилизации сахара у Rhizobiales из семейства LacI.

Фигура 5: Графическое представление промоторной области семенных членов 15С. Все члены представили предполагаемые промоторы σ70 с прямоугольниками -30 и -10, отмеченными зеленым и красным цветом соответственно. Сохраненные мотивы отмечены оранжевыми и красными прямоугольниками.

Геномный контекст

Большинство членов семейства αr15 являются транскодируемыми мРНК, транскрибируемыми с независимых промоторов в хромосомных IGR. Многие из соседних генов членов αr15 не были аннотированы, и, таким образом, они были дополнительно обработаны вручную.^[17][18][19] В результате мы смогли разделить членов семьи на четыре подгруппы в соответствии с их геномным контекстом. В первую группу входят тандемные локусы αr15C1 и αr15C2 Ризобий, Sinorhizobium и Агробактерии разновидность. Они демонстрируют высокую степень консервативности в верхнем и нижнем генах, которые, как было предсказано, кодируют регулятор транскрипции LysR и белок регулятора транскрипции AsR соответственно (рис. 5). Единственное исключение в этой группе было найдено для С. фреди это представляло совсем другой геномный контекст. Во вторую группу входят локусы αr15CI1 в Brucella видов (дополнительный файл 2), которые представили очень хорошо консервативный геномный контекст (аспартатаминотрансфераза и LysR / неизвестный регулятор транскрипции) с частичной синтенией для первой группы. Совершенно иной геномный контекст, даже частично не консервативный в большинстве случаев, присутствовал во всех плазмидных локусах αr15 (дополнительный файл 1), который объединяет определенную группу 3, где фланкирующие гены соответствуют белкам-переносчикам ABC, эксисоназе или транспозазе среди другие. Локусы αr15CI2 в Brucella виды (дополнительный файл 3) соответствуют четвертой группе и представили консервативный геномный контекст вверх и вниз по течению, кодируя все области для UDP-3-O-гидроксимиристоил N-ацетилглюкозаминдеацетилазы и белка деления клеток GTPAse FtsZ. Последней группе соответствуют локусы αr15CII в Brucella группа (дополнительный файл 4), где только один из генов мог быть аннотирован всегда как глициндешидрогеназа, другое фланкирующее положение мРНК в основном компенсировалось гипотетическим белком, консервативным в группе Brucella, к которому не могло быть привязано ни один домен, мотив или функциональная аннотация GO назначенный.

Рисунок 4: Схема контекста генома Smr15 и его ближайших гомологов в других организмах. Гены αr15 РНК представлены красными стрелками, а фланкирующие ORF - стрелками разного цвета в зависимости от их функции продукта (легенда). Цифры указывают координаты гена αr15 РНК и фланкирующих ORF в базе данных генома каждого организма. Нить гена представлена ​​направлением файла. Слева от рисунка использованы идентификационные названия, соответствующие определенному организму: Условные обозначения: αr15_Smr15C = Sinorhizobium meliloti 1021 (NC_003047), αr15_Smedr15C = Sinorhizobium medicae Хромосома WSM419 (NC_009636), αr15_Sfr15C = Sinorhizobium fredii NGR234 хромосома (NC_012587), αr15_Atr15C = Agrobacterium tumefaciens ул. Круглая хромосома C58 (NC_003062), αr15_AH13r15C = Агробактерии sp. Хромосома H13-3 (NC_015183), αr15_ReCIATr15C = Rhizobium etli CIAT 652 (NC_010994), αr15_Arr15CI = Agrobacterium radiobacter K84 хромосома 1 (NC_011985), αr15_Rlt2304r15C = Rhizobium leguminosarum bv. trifolii хромосома WSM2304 (NC_011369), αr15_Avr15C = Agrobacterium vitis S4 хромосома 1 (NC_011989), αr15_Rlvr15C = Rhizobium leguminosarum bv. viciae 3841 (NC_008380), αr15_Rlt1325r15C = Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325 (NC_012850), αr15_ReCFNr15C = Rhizobium etli CFN 42 (NC_007761).

Дополнительные файлы:

• Геномный контекстный граф копий плазмиды семейства αr15 Изображение: Smbr15 1.png
• Геномный контекстный граф локусов αr15CI1 в Brucella группа Изображение: Smbr15 2.png
• Граф контекстного генома локусов αr15CI2 в Brucella группа Изображение: Smbr15 3.png
• Граф геномного контекста локусов αr15CII в Brucella группа Изображение: Smbr15 4.png

Таблица 2: Подробная информация о геномном контексте семенных членов αr15 мРНК.

Семья	Тип функции	Название функции	Strand	Начинать	Конец	Название протеина	Аннотации	Организм
αr15_Smr15C	ген	SMc01226	р	1698201	1698491	NP_385671.1	белок-регулятор транскрипции	Sinorhizobium meliloti 1021 (NC_003047)
αr15_Smr15C	мРНК	Smr15C1	р	1698617	1698731	-	мРНК	Sinorhizobium meliloti 1021 (NC_003047)
αr15_Smr15C	мРНК	Smr15C2	р	1698817	1698937	-	мРНК	Sinorhizobium meliloti 1021 (NC_003047)
αr15_Smr15C	ген	SMc01225	р	1699144	1700052	NP_385672.1	белок-регулятор транскрипции	Sinorhizobium meliloti 1021 (NC_003047)
αr15_Smed15C	ген	Смед_1246	р	1336608	1336898	YP_001326931.1	Регулятор транскрипции семейства ArsR	Sinorhizobium medicae Хромосома WSM419 (NC_009636)
αr15_Smed15C	мРНК	Смедр15С1	р	1337011	1337126	-	мРНК	Sinorhizobium medicae Хромосома WSM419 (NC_009636)
αr15_Smed15C	мРНК	Смедр15С2	р	1337212	1337331	-	мРНК	Sinorhizobium medicae Хромосома WSM419 (NC_009636)
αr15_Smed15C	ген	Смед_1247	р	1337537	1338433	YP_001326932.1	Регулятор транскрипции семейства LysR	Sinorhizobium medicae Хромосома WSM419 (NC_009636)
αr15_Rlt2304r15C	ген	Rleg2_2722	D	2769491	2770402	YP_002282219.1	Регулятор транскрипции семейства LysR	Rhizobium leguminosarum bv. хромосома trifolii WSM2304 (NC_011369)
αr15_Rlt2304r15C	мРНК	Rlt2304r15C1	D	2770612	2770727	-	мРНК	Rhizobium leguminosarum bv. хромосома trifolii WSM2304 (NC_011369)
αr15_Rlt2304r15C	мРНК	Rlt2304r15C2	D	2770835	2770949	-	мРНК	Rhizobium leguminosarum bv. хромосома trifolii WSM2304 (NC_011369)
αr15_Rlt2304r15C	ген	Rleg2_2723	D	2771064	2771357	YP_002282220.1	Регулятор транскрипции семейства ArsR	Rhizobium leguminosarum bv. хромосома trifolii WSM2304 (NC_011369)
αr15_Rlt1325r15C	ген	Rleg_2983	D	2980263	2981174	YP_002976781.1	Регулятор транскрипции семейства LysR	Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325 (NC_012850)
αr15_Rlt1325r15C	мРНК	Rlt1325r15C1	D	2981275	2981390	-	мРНК	Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325 (NC_012850)
αr15_Rlt1325r15C	мРНК	Rlt1325r15C2	D	2981499	2981613	-	мРНК	Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325 (NC_012850)
αr15_Rlt1325r15C	ген	Rleg_2984	D	2981728	2982021	YP_002976782.1	Регулятор транскрипции семейства ArsR	Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325 (NC_012850)
αr15_ReCFNr15C	ген	RHE_CH02976	D	3116670	3117566	YP_470470.1	Регулятор транскрипции семейства LysR	Rhizobium etli CFN 42 (NC_007761)
αr15_ReCFNr15C	мРНК	ReCFNr15C1	D	3117667	3117782	-	мРНК	Rhizobium etli CFN 42 (NC_007761)
αr15_ReCFNr15C	мРНК	ReCFNr15C2	D	3117890	3118004	-	мРНК	Rhizobium etli CFN 42 (NC_007761)
αr15_ReCFNr15C	ген	RHE_CH02977	D	3118119	3118412	YP_470471.1	Регулятор транскрипции семейства ArsR	Rhizobium etli CFN 42 (NC_007761)
αr15_ReCIATr15C	ген	RHECIAT_CH0003143	D	3154220	3155116	YP_001979269.1	Регулятор транскрипции семейства LysR	Rhizobium etli CIAT 652 (NC_010994)
αr15_ReCIATr15C	мРНК	ReCIATr15C1	D	3155217	3155332	-	мРНК	Rhizobium etli CIAT 652 (NC_010994)
αr15_ReCIATr15C	мРНК	ReCIATr15C2	D	3155440	3155555	-	мРНК	Rhizobium etli CIAT 652 (NC_010994)
αr15_ReCIATr15C	ген	RHECIAT_CH0003144	D	3155652	3155963	YP_001979270.1	Регулятор транскрипции семейства ArsR	Rhizobium etli CIAT 652 (NC_010994)
αr15_Rlvr15C	ген	RL3429	D	3604478	3605389	YP_769009.1	Регулятор транскрипции семейства LysR	Rhizobium leguminosarum bv. viciae 3841 (NC_008380)
αr15_Rlvr15C	мРНК	Rlvr15C1	D	3605490	3605605	-	мРНК	Rhizobium leguminosarum bv. viciae 3841 (NC_008380)
αr15_Rlvr15C	мРНК	Rlvr15C2	D	3605714	3605829	-	мРНК	Rhizobium leguminosarum bv. viciae 3841 (NC_008380)
αr15_Rlvr15C	ген	RL3430	D	3605944	3606237	YP_769010.1	Регулятор транскрипции семейства ArsR	Rhizobium leguminosarum bv. viciae 3841 (NC_008380)
αr15_Sfr15C	ген	NGR_c15610	р	1611431	1612354	YP_002826082.1	литическая трансгликозилаза каталитическая	Sinorhizobium fredii Хромосома NGR234 (NC_012587)
αr15_Sfr15C	мРНК	Sfr15C1	р	1612511	1612626	-	мРНК	Sinorhizobium fredii Хромосома NGR234 (NC_012587)
αr15_Sfr15C	мРНК	Sfr15C2	р	1612711	1612830	-	мРНК	Sinorhizobium fredii Хромосома NGR234 (NC_012587)
αr15_Sfr15C	ген	NGR_c15640	р	1612866	1612961	YP_002826083.1	гипотетический белок	Sinorhizobium fredii Хромосома NGR234 (NC_012587)
αr15_Arr15CI	ген	Арад_3145	D	2505179	2506090	YP_002545096.1	белок-регулятор транскрипции	Agrobacterium radiobacter K84 хромосома 1 (NC_011985)
αr15_Arr15CI	мРНК	Arr15CI1	D	2506215	2506331	-	мРНК	Agrobacterium radiobacter K84 хромосома 1 (NC_011985)
αr15_Arr15CI	мРНК	Arr15CI2	D	2506418	2506534	-	мРНК	Agrobacterium radiobacter K84 хромосома 1 (NC_011985)
αr15_Arr15CI	ген	Арад_3147	D	2506657	2506950	YP_002545097.1	белок-регулятор транскрипции	Agrobacterium radiobacter K84 хромосома 1 (NC_011985)
αr15_AH13r15C	ген	AGROH133_07649	D	2111723	2112625	YP_004279410.1	Регулятор транскрипции семейства LysR	Агробактерии sp. Хромосома H13-3 (NC_015183)
αr15_AH13r15C	мРНК	AH13r15C1	D	2112823	2112939	-	мРНК	Агробактерии sp. Хромосома H13-3 (NC_015183)
αr15_AH13r15C	мРНК	AH13r15C2	D	2113023	2113121	-	мРНК	Агробактерии sp. Хромосома H13-3 (NC_015183)
αr15_AH13r15C	ген	AGROH133_07651	D	2113201	2113515	YP_004279411.1	Регулятор транскрипции семейства LysR	Агробактерии sp. Хромосома H13-3 (NC_015183)
αr15_Atr15C	ген	Atu2186	D	2162154	2163056	NP_355147.1	Регулятор транскрипции семейства LysR	Agrobacterium tumefaciens Круглая хромосома C58 (NC_003062)
αr15_Atr15C	мРНК	Atr15C1	D	2163254	2163370	-	мРНК	Agrobacterium tumefaciens Круглая хромосома C58 (NC_003062)
αr15_Atr15C	мРНК	Atr15C2	D	2163454	2163554	-	мРНК	Agrobacterium tumefaciens Круглая хромосома C58 (NC_003062)
αr15_Atr15C	ген	Atu2187	D	2163657	2163947	NP_355148.2	Регулятор транскрипции семейства ArsR	Agrobacterium tumefaciens Круглая хромосома C58 (NC_003062)
αr15_Avr15CI	ген	Avi_3141	D	2607436	2608350	YP_002550262.1	Регулятор транскрипции семейства LysR	Agrobacterium vitis S4 хромосома 1 (NC_011989)
αr15_Avr15CI	мРНК	Avr15CI1	D	2608532	2608647	-	мРНК	Agrobacterium vitis S4 хромосома 1 (NC_011989)
αr15_Avr15CI	мРНК	Avr15CI2	D	2608739	2608839	-	мРНК	Agrobacterium vitis S4 хромосома 1 (NC_011989)
αr15_Avr15CI	ген	Avi_3142	D	2608951	2609238	YP_002550263.1	Регулятор транскрипции семейства ArsR	Agrobacterium vitis S4 хромосома 1 (NC_011989)
αr15_ReCFNr15a	ген	RHE_PA00141	D	152078	157177	YP_471730.1	ДНК-метилаза n-6	Rhizobium etli CFN 42 плазмида p42a (NC_007762)
αr15_ReCFNr15a	мРНК	ReCFNr15a	D	157296	157409	-	мРНК	Rhizobium etli CFN 42 плазмида p42a (NC_007762)
αr15_ReCFNr15a	ген	RHE_PA00143	D	157744	159486	YP_471732.1	белок плазмидного разделения	Rhizobium etli CFN 42 плазмида p42a (NC_007762)
αr15_ReCIATr15B	ген	RHECIAT_PB0000171	р	187267	187788	YP_001984434.1	белок эксисоназы	Rhizobium etli Плазмида pB CIAT 652 (NC_010996)
αr15_ReCIATr15B	мРНК	ReCIATr15B	р	187927	188041	-	мРНК	Rhizobium etli Плазмида pB CIAT 652 (NC_010996)
αr15_ReCIATr15B	ген	RHECIAT_PB0000172	р	188226	189416	YP_001984435.1	гипотетический белок	Rhizobium etli Плазмида pB CIAT 652 (NC_010996)
αr15_Avr15Atc	ген	Avi_9155	D	121509	122600	YP_002542647.1	Альфа-цепь ДНК-полимеразы III	Agrobacterium vitis Плазмида S4 pAtS4c (NC_011984)
αr15_Avr15Atc	мРНК	Avr15Atc	р	122624	122736	-	мРНК	Agrobacterium vitis Плазмида S4 pAtS4c (NC_011984)
αr15_Avr15Atc	ген	Avi_9156	D	123011	123358	YP_002542648.1	субъединица геликазы комплекса эксцизионной репарации ДНК	Agrobacterium vitis Плазмида S4 pAtS4c (NC_011984)
αr15_ReCFNr15d	ген	RHE_PD00155	р	172105	172731	NP_659882.1	белок эксисоназы	Rhizobium etli CFN 42 симбиотическая плазмида p42d (NC_004041)
αr15_ReCFNr15d	мРНК	ReCFNr15d	р	172760	172874	-	мРНК	Rhizobium etli CFN 42 симбиотическая плазмида p42d (NC_004041)
αr15_ReCFNr15d	ген	RHE_PD00156	р	173058	174248	NP_659881.2	гипотетический белок	Rhizobium etli CFN 42 симбиотическая плазмида p42d (NC_004041)
αr15_Avr15Ate	ген	Avi_7235	D	198046	198699	YP_002539630.1	ABC транспортер мембранный белок	Agrobacterium vitis Плазмида S4 pAtS4e (NC_011981)
αr15_Avr15Ate	мРНК	Avr15Ate	D	198928	199039	-	мРНК	Agrobacterium vitis Плазмида S4 pAtS4e (NC_011981)
αr15_Avr15Ate	ген	Avi_7237	D	199739	200020	YP_002539631.1	транспозаза	Agrobacterium vitis Плазмида S4 pAtS4e (NC_011981)
αr15_AH13r15a	ген	AGROH133_14527	р	210807	211133	YP_004280311.1	Регулятор транскрипции семейства XRE	Агробактерии sp. Плазмида H13-3 pAspH13-3a (NC_015184)
αr15_AH13r15a	ген	AGROH133_14529	р	211195	211713	-	токсин модуля зависимости	Агробактерии sp. Плазмида H13-3 pAspH13-3a (NC_015184)
αr15_AH13r15a	мРНК	AH13r15a	р	211698	211807	-	мРНК	Агробактерии sp. Плазмида H13-3 pAspH13-3a (NC_015184)
αr15_AH13r15a	ген	AGROH133_14530	р	211828	212286	YP_004280313.1	гипотетический белок	Агробактерии sp. Плазмида H13-3 pAspH13-3a (NC_015184)
αr15_Smedr15p03	ген	Smed_6375	р	39464	39784	YP_001314894.1	Регулятор транскрипции семейства XRE	Sinorhizobium medicae Плазмида pSMED03 WSM419 (NC_009622)
αr15_Smedr15p03	мРНК	Смедр15п03	р	40054	40165	-	мРНК	Sinorhizobium medicae Плазмида pSMED03 WSM419 (NC_009622)
αr15_Smedr15p03	ген	Смед_6376	D	40123	40425	-	гипотетический белок	Sinorhizobium medicae Плазмида pSMED03 WSM419 (NC_009622)
αr15_Avr15Ti	ген	Avi_8074	р	51395	51682	YP_002540018.1	Регулятор транскрипции семейства XRE	Agrobacterium vitis Плазмида S4 pTiS4 (NC_011982)
αr15_Avr15Ti	мРНК	Avr15Ti	р	52286	52397	-	мРНК	Agrobacterium vitis Плазмида S4 pTiS4 (NC_011982)
αr15_Avr15Ti	ген	Avi_8076	D	52672	53013	YP_002540020.1	субъединица геликазы комплекса эксцизионной репарации ДНК	Agrobacterium vitis Плазмида S4 pTiS4 (NC_011982)
αr15_Rlt1325r15p02	ген	Rleg_6607	D	35260	35928	YP_002984610.1	гипотетический белок	Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325 плазмида pRt132502 (NC_012858)
αr15_Rlt1325r15p02	мРНК	Rlt1325r15p02	D	36176	36289	-	мРНК	Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325 плазмида pRt132502 (NC_012858)
αr15_Rlt1325r15p02	ген	Rleg_6608	D	36740	37528	YP_002984611.1	Экзонуклеаза РНКаза Т и ДНК-полимераза II	Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325 плазмида pRt132502 (NC_012858)
αr15_Sfr15b	ген	NGR_b01430	D	133718	133900	YP_002822362.1	гипотетический белок	Sinorhizobium fredii Плазмида NGR234 pNGR234b (NC_012586)
αr15_Sfr15b	мРНК	Sfr15b	р	134078	134190	-	мРНК	Sinorhizobium fredii Плазмида NGR234 pNGR234b (NC_012586)
αr15_Sfr15b	ген	NGR_b01450	р	134349	136811	YP_002822364.1	дигуанилатциклаза фосфодиэстераза с сенсором pas pac	Sinorhizobium fredii Плазмида NGR234 pNGR234b (NC_012586)
αr15_Rlvr15p11	ген	pRL110525	р	566752	566955	YP_771559.1	гипотетический белок	Rhizobium leguminosarum bv. viciae 3841 плазмида pRL11 (NC_008384)
αr15_Rlvr15p11	мРНК	Rlvr15p11	р	567053	567166	-	мРНК	Rhizobium leguminosarum bv. viciae 3841 плазмида pRL11 (NC_008384)
αr15_Rlvr15p11	ген	pRL110526	р	567397	568065	YP_771560.1	гипотетический белок	Rhizobium leguminosarum bv. viciae 3841 плазмида pRL11 (NC_008384)
αr15_Oar15p02	ген	Оант_4749	D	21546	21971	YP_001373166.1	Белок, содержащий домен PilT	Ochrobactrum anthropi Плазмида pOANT02 ATCC 49188 (NC_009670)
αr15_Oar15p02	мРНК	Весло15p02	D	22208	22320	-	мРНК	Ochrobactrum anthropi Плазмида pOANT02 ATCC 49188 (NC_009670)
αr15_Oar15p02	ген	Оант_4750	D	22661	24454	YP_001373167.1	белок плазмидного разделения	Ochrobactrum anthropi Плазмида pOANT02 ATCC 49188 (NC_009670)
αr15_Mlr15a	ген	msl9071	р	64650	64817	NP_085644.1	гипотетический белок	Mesorhizobium loti MAFF303099 плазмида pMLa (NC_002679)
αr15_Mlr15a	мРНК	Mlr15a	р	65044	65154	-	мРНК	Mesorhizobium loti MAFF303099 плазмида pMLa (NC_002679)
αr15_Mlr15a	ген	msl9074	р	65712	66008	NP_085645.1	гипотетический белок	Mesorhizobium loti MAFF303099 плазмида pMLa (NC_002679)
αr15_Smr15A	ген	SMa0995	р	551249	552481	NP_435782.1	транспозаза	Sinorhizobium meliloti 1021 плазмида pSymA (NC_003037)
αr15_Smr15A	мРНК	Smr15A	D	552873	552984	-	мРНК	Sinorhizobium meliloti 1021 плазмида pSymA (NC_003037)
αr15_Smr15A	ген	SMa0997	D	553196	553492	NP_435783.1	транспозаза	Sinorhizobium meliloti 1021 плазмида pSymA (NC_003037)
αr15_Arr15CII	ген	Arad_8155	D	1010459	1011472	YP_002541089.1	гипотетический белок	Agrobacterium radiobacter K84 хромосома 2 (NC_011983)
αr15_Arr15CII	мРНК	Arr15CII	р	1011511	1011624	-	мРНК	Agrobacterium radiobacter K84 хромосома 2 (NC_011983)
αr15_Arr15CII	ген	Arad_8157	D	1012367	1013791	YP_002541091.1	белок монооксигеназа	Agrobacterium radiobacter K84 хромосома 2 (NC_011983)
αr15_Oar15CI	ген	Оант_1670	р	1750252	1751097	YP_001370215.1	металлофосфоэстераза	Ochrobactrum anthropi ATCC 49188 хромосома 1 (NC_009667)
αr15_Oar15CI	мРНК	Oar15CI	D	1751482	1751598	-	мРНК	Ochrobactrum anthropi ATCC 49188 хромосома 1 (NC_009667)
αr15_Oar15CI	ген	Оант_1671	D	1752063	1753466	YP_001370216.1	РНК-направленная ДНК-полимераза	Ochrobactrum anthropi ATCC 49188 хромосома 1 (NC_009667)
αr15_ReCIATr15pC	ген	RHECIAT_PC0000855	р	938497	939639	YP_001985475.1	ацилтрансфераза 3	Rhizobium etli Плазмида CIAT 652 pC (NC_010997)
αr15_ReCIATr15pC	мРНК	ReCIATr15pC	D	941345	941452	-	мРНК	Rhizobium etli Плазмида CIAT 652 pC (NC_010997)
αr15_ReCIATr15pC	ген	RHECIAT_PC0000856	р	941811	945572	YP_001985476.1	кальций-связывающий белок гемолизинового типа	Rhizobium etli Плазмида CIAT 652 pC (NC_010997)
αr15_Oar15CII	ген	Оант_3861	р	1269354	1269818	YP_001372395.1	гипотетический белок	Ochrobactrum anthropi ATCC 49188 хромосома 2 (NC_009668)
αr15_Oar15CII	мРНК	Весло15CII	D	1270083	1270191	-	мРНК	Ochrobactrum anthropi ATCC 49188 хромосома 2 (NC_009668)
αr15_Oar15CII	ген	Оант_3862	р	1270409	1273222	YP_001372396.1	глициндегидрогеназа	Ochrobactrum anthropi ATCC 49188 хромосома 2 (NC_009668)
αr15_Bm23445r15CII	ген	BSUIS_B0713	р	695738	695851	YP_001622510.1	гипотетический белок	Brucella suis АТСС 23445 хромосома II (NC_010167)
αr15_Bm23445r15CII	мРНК	Bm23445r15CII	D	696081	696188	-	мРНК	Brucella suis АТСС 23445 хромосома II (NC_010167)
αr15_Bm23445r15CII	ген	BSUIS_B0714	D	696129	696196	-	неизвестный	Brucella suis АТСС 23445 хромосома II (NC_010167)
αr15_Bm23445r15CII	ген	BSUIS_B0715	р	696787	699585	YP_001622511.1	глициндегидрогеназа	Brucella suis АТСС 23445 хромосома II (NC_010167)
αr15_Bm16Mr15CII	ген	BMEII0561	D	586104	588902	NP_541539.1	глициндегидрогеназа	Brucella melitensis bv. 1 ул. 16M хромосома II (NC_003318)
αr15_Bm16Mr15CII	мРНК	Bm16Mr15CII	р	589501	589608	-	мРНК	Brucella melitensis bv. 1 ул. 16M хромосома II (NC_003318)
αr15_Bm16Mr15CII	ген	BMEII0562	D	589690	589950	NP_541540.1	гипотетический белок	Brucella melitensis bv. 1 ул. 16M хромосома II (NC_003318)
αr15_BaS19r15CII	ген	BAbS19_II04850	D	504658	507456	YP_001932428.1	глициндегидрогеназа	Бруцелла абортус S19 хромосома 2 (NC_010740)
αr15_BaS19r15CII	мРНК	BaS19r15CII	р	508055	508162	-	мРНК	Бруцелла абортус S19 хромосома 2 (NC_010740)
αr15_BaS19r15CII	ген	BAbS19_II04860	D	508392	508505	YP_001932429.1	гипотетический белок	Бруцелла абортус S19 хромосома 2 (NC_010740)
αr15_Bm23457r15CII	ген	BMEA_B0698	D	686472	686966	YP_002734467.1	активатор транскрипции пролиндегидрогеназы	Brucella melitensis АТСС 23457 хромосома II (NC_012442)
αr15_Bm23457r15CII	мРНК	Bm23457r15CII	D	687290	687397	-	мРНК	Brucella melitensis АТСС 23457 хромосома II (NC_012442)
αr15_Bm23457r15CII	ген	BMEA_B0701	р	687996	690794	YP_002734468.1	глициндегидрогеназа	Brucella melitensis АТСС 23457 хромосома II (NC_012442)
αr15_Bmir15CII	ген	BMI_II717	р	708784	709020	YP_003105497.1	гипотетический белок	Бруцелла микроти CCM 4915 хромосома 2 (NC_013118)
αr15_Bmir15CII	мРНК	Bmir15CII	D	709102	709209	-	мРНК	Бруцелла микроти CCM 4915 хромосома 2 (NC_013118)
αr15_Bmir15CII	ген	BMI_II718	р	709832	712630	YP_003105498.1	глициндегидрогеназа	Бруцелла микроти CCM 4915 хромосома 2 (NC_013118)
αr15_Bs1330r15CII	ген	BRA0724	р	707842	707955	NP_699901.1	гипотетический белок	Brucella suis 1330 хромосома II (NC_004311)
αr15_Bs1330r15CII	мРНК	Bs1330r15CII	D	708185	708292	-	мРНК	Brucella suis 1330 хромосома II (NC_004311)
αr15_Bs1330r15CII	ген	BRA0725	р	708891	711689	NP_699902.1	глициндегидрогеназа	Brucella suis 1330 хромосома II (NC_004311)
αr15_Ba19941r15CII	ген	BruAb2_0506	D	505454	508252	YP_223286.1	глициндегидрогеназа	Бруцелла абортус bv. 1 ул. 9-941 хромосома II (NC_006933)
αr15_Ba19941r15CII	мРНК	Ba19941r15CII	р	508851	508958	-	мРНК	Бруцелла абортус bv. 1 ул. 9-941 хромосома II (NC_006933)
αr15_Ba19941r15CII	ген	BruAb2_0507	D	509188	509301	YP_223287.1	гипотетический белок	Бруцелла абортус bv. 1 ул. 9-941 хромосома II (NC_006933)
αr15_Bmαr15CII	ген	BAB2_0515	D	505442	508240	YP_418705.1	глициндегидрогеназа	Brucella melitensis биовар Abortus 2308 хромосома II (NC_007624)
αr15_Bmαr15CII	мРНК	Bmαr15CII	р	508839	508946	-	мРНК	Brucella melitensis биовар Abortus 2308 хромосома II (NC_007624)
αr15_Bmαr15CII	ген	BAB2_0516	D	509028	509264	YP_418706.1	гипотетический белок	Brucella melitensis биовар Abortus 2308 хромосома II (NC_007624)
αr15_Bcr15CII	ген	BCAN_B0729	D	706646	707140	YP_001594668.1	активатор транскрипции пролиндегидрогеназы	Brucella canis АТСС 23365 хромосома II (NC_010104)
αr15_Bcr15CII	мРНК	Bcr15CII	D	707465	707572	-	мРНК	Brucella canis АТСС 23365 хромосома II (NC_010104)
αr15_Bcr15CII	ген	BCAN_B0730	р	708171	710969	YP_001594669.1	глициндегидрогеназа	Brucella canis АТСС 23365 хромосома II (NC_010104)
αr15_Bor15CI2	ген	BOV_1448	D	1459218	1460420	YP_001259376.1	аспартатаминотрансфераза	Brucella ovis АТСС 25840 хромосома I (NC_009505)
αr15_Bor15CI2	мРНК	Bor15CI2	р	1460506	1460624	-	мРНК	Brucella ovis АТСС 25840 хромосома I (NC_009505)
αr15_Bor15CI2	ген	BOV_1449	р	1460890	1461795	YP_001259377.1	Регулятор транскрипции семейства LysR	Brucella ovis АТСС 25840 хромосома I (NC_009505)
αr15_Bcr15CI2	ген	BCAN_A1532	D	1450681	1451883	YP_001593329.1	аспартатаминотрансфераза	Brucella canis АТСС 23365 хромосома I (NC_010103)
αr15_Bcr15CI2	мРНК	Bcr15CI2	р	1451969	1452087	-	мРНК	Brucella canis АТСС 23365 хромосома I (NC_010103)
αr15_Bcr15CI2	ген	BCAN_A1535	р	1452353	1453258	YP_001593332.1	белок-регулятор транскрипции	Brucella canis АТСС 23365 хромосома I (NC_010103)
αr15_Bmir15CI2	ген	BMI_I1510	D	1460010	1461212	YP_003107423.1	аспартатаминотрансфераза	Бруцелла микроти CCM 4915 хромосома 1 (NC_013119)
αr15_Bmir15CI2	мРНК	Bmir15CI2	р	1461298	1461416	-	мРНК	Бруцелла микроти CCM 4915 хромосома 1 (NC_013119)
αr15_Bmir15CI2	ген	BMI_I1512	р	1461682	1462587	YP_003107425.1	Регулятор транскрипции семейства LysR	Бруцелла микроти CCM 4915 хромосома 1 (NC_013119)
αr15_Bs1330r15CI2	ген	BR1495	D	1451723	1452925	NP_698491.1	аспартатаминотрансфераза	Brucella suis 1330 хромосома I (NC_004310)
αr15_Bs1330r15CI2	мРНК	Bs1330r15CI2	р	1453011	1453129	-	мРНК	Brucella suis 1330 хромосома I (NC_004310)
αr15_Bs1330r15CI2	ген	BR1498	р	1453395	1454300	NP_698494.1	Регулятор транскрипции семейства LysR	Brucella suis 1330 хромосома I (NC_004310)
αr15_Bor15CII	мРНК	Bor15CII	D	709415	709524	-	мРНК	Brucella ovis АТСС 25840 хромосома II (NC_009504)
αr15_Bor15CII	ген	BOV_A0677	р	704750	708432	-	активатор транскрипции пролиндегидрогеназы	Brucella ovis АТСС 25840 хромосома II (NC_009504)
αr15_Bor15CII	ген	BOV_A0679	р	710122	712920	YP_001257680.1	глицин дегидрогенас	Brucella ovis АТСС 25840 хромосома II (NC_009504)
αr15_Bm23445r15CI2	ген	BSUIS_A1552	D	1472504	1473706	YP_001628154.1	аспартатаминотрансфераза	Brucella suis АТСС 23445 хромосома I (NC_010169)
αr15_Bm23445r15CI2	мРНК	Bm23445r15CI2	р	1473791	1473909	-	мРНК	Brucella suis АТСС 23445 хромосома I (NC_010169)
αr15_Bm23445r15CI2	ген	BSUIS_A1554	р	1474175	1475080	YP_001628156.1	гипотетический белок	Brucella suis АТСС 23445 хромосома I (NC_010169)
αr15_BaS19r15CI2	ген	BAbS19_I14120	D	1468120	1469322	YP_001935379.1	аспартатаминотрансфераза	Бруцелла абортус S19 хромосома 1 (NC_010742)
αr15_BaS19r15CI2	мРНК	BaS19r15CI2	р	1469407	1469525	-	мРНК	Бруцелла абортус S19 хромосома 1 (NC_010742)
αr15_BaS19r15CI2	ген	BAbS19_I14130	D	1469632	1469739	YP_001935380.1	гипотетический белок	Бруцелла абортус S19 хромосома 1 (NC_010742)
αr15_Ba19941r15CI2	ген	BruAb1_1488	D	1469786	1470988	YP_222177.1	аспартатаминотрансфераза	Бруцелла абортус bv. 1 ул. 9-941 хромосома I (NC_006932)
αr15_Ba19941r15CI2	мРНК	Ba19941r15CI2	р	1471073	1471191	-	мРНК	Бруцелла абортус bv. 1 ул. 9-941 хромосома I (NC_006932)
αr15_Ba19941r15CI2	ген	BruAb1_1490	D	1471190	1471405	YP_222179.1	гипотетический белок	Бруцелла абортус bv. 1 ул. 9-941 хромосома I (NC_006932)
αr15_Bmαr15CI2	ген	BAB1_1514	D	1466940	1468142	YP_414880.1	аспартатаминотрансфераза	Brucella melitensis биовар Abortus 2308 хромосома I (NC_007618)
αr15_Bmαr15CI2	мРНК	Bmαr15CI2	р	1468227	1468345	-	мРНК	Brucella melitensis биовар Abortus 2308 хромосома I (NC_007618)
αr15_Bmαr15CI2	ген	BAB1_1516	D	1468344	1468559	YP_414882.1	гипотетический белок	Brucella melitensis биовар Abortus 2308 хромосома I (NC_007618)
αr15_Bcr15CI1	ген	BCAN_A1457	р	1377955	1378815	YP_001593259.1	UDP-3-O- [3-гидроксимиристоил] N-ацетилглюкозаминдеацетилаза	Brucella canis АТСС 23365 хромосома I (NC_010103)
αr15_Bcr15CI1	мРНК	Bcr15CI1	р	1379297	1379398	-	мРНК	Brucella canis АТСС 23365 хромосома I (NC_010103)
αr15_Bcr15CI1	мРНК	BCAN_A1458	р	1379355	1381055	YP_001593260.1	белок деления клеток Fts	Brucella canis АТСС 23365 хромосома I (NC_010103)
αr15_Bcr15CI1	ген	BCAN_A1459	р	1381152	1382474	YP_001593261.1	белок деления клеток Fts	Brucella canis АТСС 23365 хромосома I (NC_010103)
αr15_Bm23445r15CI1	ген	BSUIS_A1476	D	1400706	1400831	YP_001628084.1	гипотетический белок	Brucella suis АТСС 23445 хромосома I (NC_010169)
αr15_Bm23445r15CI1	мРНК	Bm23445r15CI1	р	1401085	1401186	-	мРНК	Brucella suis АТСС 23445 хромосома I (NC_010169)
αr15_Bm23445r15CI1	ген	BSUIS_A1477	р	1401143	1402843	YP_001628085.1	белок деления клеток Fts	Brucella suis АТСС 23445 хромосома I (NC_010169)
αr15_Bm23445r15CI1	ген	BSUIS_A1478	р	1402940	1404262	YP_001628086.1	белок деления клеток Fts	Brucella suis АТСС 23445 хромосома I (NC_010169)
αr15_Bm16Mr15CI	ген	BMEI0585	D	606025	607641	NP_539502.1	белок деления клеток Fts	Brucella melitensis bv. 1 ул. 16М хромосома I (NC_003317)
αr15_Bm16Mr15CI	мРНК	Bm16Mr15CI	D	607684	607785	-	мРНК	Brucella melitensis bv. 1 ул. 16М хромосома I (NC_003317)
αr15_Bm16Mr15CI	ген	BMEI0586	D	608267	609127	NP_539503.1	UDP-3-O- [3-гидроксимиристоил] N-ацетилглюкозаминдеацетилаза	Brucella melitensis bv. 1 ул. 16М хромосома I (NC_003317)
αr15_BaS19r15CI1	ген	BAbS19_I13490	р	1395452	1396312	YP_001935318.1	UDP-3-O- [3-гидроксимиристоил] N-ацетилглюкозаминдеацетилаза	Бруцелла абортус S19 хромосома 1 (NC_010742)
αr15_BaS19r15CI1	ген	BAbS19_I13500	р	1396852	1398552	YP_001935319.1	белок деления клеток Fts	Бруцелла абортус S19 хромосома 1 (NC_010742)
αr15_BaS19r15CI1	мРНК	BaS19r15CI1	р	1396794	1396895	-	мРНК	Бруцелла абортус S19 хромосома 1 (NC_010742)
αr15_BaS19r15CI1	ген	BAbS19_I13510	р	1398649	1399971	YP_001935320.1	белок теплового шока Hsp7	Бруцелла абортус S19 хромосома 1 (NC_010742)
αr15_Bm23457r15CI	ген	BMEA_A1472	р	1399299	1400159	YP_002733139.1	UDP-3-O- [3-гидроксимиристоил] N-ацетилглюкозаминдеацетилаза	Brucella melitensis АТСС 23457 хромосома I (NC_012441)
αr15_Bm23457r15CI	мРНК	Bm23457r15CI	р	1400641	1400742	-	мРНК	Brucella melitensis АТСС 23457 хромосома I (NC_012441)
αr15_Bm23457r15CI	ген	BMEA_A1473	р	1400699	1402399	YP_002733140.1	белок деления клеток Fts	Brucella melitensis АТСС 23457 хромосома I (NC_012441)
αr15_Bm23457r15CI	ген	BMEA_A1474	р	1402496	1403818	YP_002733141.1	белок деления клеток Fts	Brucella melitensis АТСС 23457 хромосома I (NC_012441)
αr15_Bmir15CI1	ген	BMI_I1436	р	1386434	1387294	YP_003107351.1	UDP-3-O- [3-гидроксимиристоил] N-ацетилглюкозаминдеацетилаза	Бруцелла микроти CCM 4915 хромосома 1 (NC_013119)
αr15_Bmir15CI1	мРНК	Bmir15CI1	р	1387776	1387877	-	мРНК	Бруцелла микроти CCM 4915 хромосома 1 (NC_013119)
αr15_Bmir15CI1	ген	BMI_I1437	р	1387834	1389534	YP_003107352.1	белок деления клеток Fts	Бруцелла микроти CCM 4915 хромосома 1 (NC_013119)
αr15_Bmir15CI1	ген	BMI_I1438	р	1389631	1390953	YP_003107353.1	белок деления клеток Fts	Бруцелла микроти CCM 4915 хромосома 1 (NC_013119)
αr15_Bs1330r15CI1	ген	BR1424	р	1379039	1379899	NP_698422.1	UDP-3-O- [3-гидроксимиристоил] N-ацетилглюкозаминдеацетилаза	Brucella suis 1330 хромосома I (NC_004310)
αr15_Bs1330r15CI1	мРНК	Bs1330r15CI1	р	1380381	1380482	-	мРНК	Brucella suis 1330 хромосома I (NC_004310)
αr15_Bs1330r15CI1	ген	BR1425	р	1380439	1382139	NP_698423.1	белок деления клеток Fts	Brucella suis 1330 хромосома I (NC_004310)
αr15_Bs1330r15CI1	ген	BR1426	р	1382236	1383558	NP_698424.1	белок деления клеток Fts	Brucella suis 1330 хромосома I (NC_004310)
αr15_Ba19941r15CI1	ген	BruAb1_1419	р	1397122	1397982	YP_222110.1	UDP-3-O- [3-гидроксимиристоил] N-ацетилглюкозаминдеацетилаза	Бруцелла абортус bv. 1 ул. 9-941 хромосома I (NC_006932)
αr15_Ba19941r15CI1	мРНК	Ba19941r15CI1	р	1398464	1398565	-	мРНК	Бруцелла абортус bv. 1 ул. 9-941 хромосома I (NC_006932)
αr15_Ba19941r15CI1	ген	BruAb1_1420	р	1398522	1400222	YP_222111.1	белок деления клеток Fts	Бруцелла абортус bv. 1 ул. 9-941 хромосома I (NC_006932)
αr15_Ba19941r15CI1	ген	BruAb1_1421	р	1400319	1401641	YP_222112.1	белок деления клеток Fts	Бруцелла абортус bv. 1 ул. 9-941 хромосома I (NC_006932)
αr15_Bmαr15CI1	ген	BAB1_1443	р	1394272	1395132	YP_414815.1	UDP-3-O- [3-гидроксимиристоил] N-ацетилглюкозаминдеацетилаза	Brucella melitensis биовар Abortus 2308 хромосома I (NC_007618)
αr15_Bmαr15CI1	мРНК	Bmαr15CI1	р	1395614	1395715	-	мРНК	Brucella melitensis биовар Abortus 2308 хромосома I (NC_007618)
αr15_Bmαr15CI1	ген	BAB1_1444	р	1395672	1397372	YP_414816.1	белок деления клеток Fts	Brucella melitensis биовар Abortus 2308 хромосома I (NC_007618)
αr15_Bmαr15CI1	ген	BAB1_1445	р	1397469	1398791	YP_414817.1	белок теплового шока Hsp7	Brucella melitensis биовар Abortus 2308 хромосома I (NC_007618)
αr15_Jspr15C	ген	mma_2445	р	2769080	2769601	YP_001354135.1	фосфинотрицин N-ацетилтрансферас	Янтинобактерии sp. Марсель (NC_009659)
αr15_Jspr15C	мРНК	Jspr15C	р	2769681	2769776	-	мРНК	Янтинобактерии sp. Марсель (NC_009659)
αr15_Jspr15C	ген	mma_2446	р	2769784	2770767	YP_001354136.1	рецептор связывания трикарбоксилата	Янтинобактерии sp. Марсель (NC_009659)
αr15_Bor15CI1	ген	BOV_1381	D	1387334	1387726	YP_001259317.1	транспозаза Orf	Brucella ovis АТСС 25840 хромосома I (NC_009505)
αr15_Bor15CI1	мРНК	Bor15CI1	р	1387928	1388029	-	мРНК	Brucella ovis АТСС 25840 хромосома I (NC_009505)
αr15_Bor15CI1	ген	BOV_1382	р	1387986	1389686	YP_001259318.1	белок деления клеток Fts	Brucella ovis АТСС 25840 хромосома I (NC_009505)
αr15_Bor15CI1	ген	BOV_1383	р	1389783	1391105	YP_001259319.1	белок деления клеток Fts	Brucella ovis АТСС 25840 хромосома I (NC_009505)

Рекомендации

1. дель Валь К., Ривас Э., Торрес-Кесада О, Торо Н., Хименес-Зурдо Дж. И. (декабрь 2007 г.). «Идентификация дифференциально экспрессируемых малых некодирующих РНК в эндосимбионте бобовых Sinorhizobium meliloti с помощью сравнительной геномики». Молекулярная микробиология. 66 (5): 1080–91. Дои:10.1111 / j.1365-2958.2007.05978.x. ЧВК  2780559. PMID  17971083.
2. Ульве В.М., Севин Е.В., Шерон А., Барлой-Хублер Ф. (декабрь 2007 г.). «Идентификация малых РНК хромосомных альфа-протеобактерий путем сравнительного анализа генома и обнаружения в штамме Sinorhizobium meliloti 1021». BMC Genomics. 8 (467): 467. Дои:10.1186/1471-2164-8-467. ЧВК  2245857. PMID  18093320.
3. Valverde C, Livny J, Schlüter JP, Reinkensmeier J, Becker A, Parisi G (сентябрь 2008 г.). «Прогнозирование генов мРНК Sinorhizobium meliloti и экспериментальное обнаружение в штамме 2011». BMC Genomics. 9 (406): 416. Дои:10.1186/1471-2164-9-416. ЧВК  2573895. PMID  18793445.
4. Кордова Дж. М., Чаварро С., Шлютер Дж. А., Джексон С. А., Блэр М. В. (июль 2010 г.). «Интеграция физических и генетических карт фасоли обыкновенной с помощью микросателлитных маркеров, полученных из ВАС». BMC Genomics. 11 (245): 436. Дои:10.1186/1471-2164-11-436. ЧВК  3091635. PMID  20637113.
5. Nawrocki EP, Kolbe DL, Eddy SR (май 2009 г.). «Infernal 1.0: вывод выравнивания РНК». Биоинформатика. 25 (10): 1335–7. Дои:10.1093 / биоинформатика / btp157. ЧВК  2732312. PMID  19307242.
6. Будет S, Reiche K, Hofacker IL, Stadler PF, Backofen R (2007). «Выведение семейств и классов некодирующих РНК с помощью кластеризации на основе структуры в масштабе генома». PLoS Comput Biol. 4 (65): e65. Дои:10.1371 / journal.pcbi.0030065. ЧВК  1851984. PMID  17432929.
7. И. Л. Хофакер, В. Фонтана, П. Ф. Стадлер, Л. С. Бонхёффер, М. Такер и П. Шустер (1994). «Быстрое сворачивание и сравнение вторичных структур РНК». Monatshefte für Chemie. 125 (2): 167–188. Дои:10.1007 / BF00818163.
8. Бернхарт С.Х., Хофакер И.Л., Уилл С., Грубер А.Р., Штадлер П.Ф. (ноябрь 2008 г.). «RNAalifold: улучшенное предсказание консенсусной структуры для выравнивания РНК». BMC Bioinformatics. 9 (474): 474. Дои:10.1186/1471-2105-9-474. ЧВК  2621365. PMID  19014431.
9. Wilms I, Voss B, Hess WR, Leichert LI, Narberhaus F (апрель 2011 г.). «Малый РНК-опосредованный контроль GABA-связывающего белка Agrobacterium tumefaciens». Молекулярная микробиология. 80 (2): 492–506. Дои:10.1111 / j.1365-2958.2011.07589.x. PMID  21320185.
10. Торрес-Кесада О, Оруэсабал Р.И., Перегрина А., Хофре Э., Льорет Дж., Ривилья Р., Торо Н., Хименес-Зурдо Д.И. (2010). "The Sinorhizobium meliloti РНК шаперон Hfq влияет на центральный углеродный метаболизм и симбиотическое взаимодействие с люцерной » (PDF). BMC Microbiol. 6.
11. Торрес-Кесада О, Миллан В., Ниса-Мартинес Р., Барду Ф., Креспи М., Торо Н., Хименес-Зурдо Дж. И. (2013-07-15). «Независимая активность гомологичных малых регуляторных РНК AbcR1 и AbcR2 у бобового симбионта Sinorhizobium meliloti». PLOS One. 8 (7): e68147. Дои:10.1371 / journal.pone.0068147. ЧВК  3712013. PMID  23869210.
12. MacLellan SR, MacLean AM, Finan TM (июнь 2006 г.). «Предсказание промоутера в ризобиях». Микробиология. 152 (Pt 6): 1751–63. Дои:10.1099 / мик.0.28743-0. PMID  16735738.
13. Новичков П.С., Родионов Д.А., Ставровская Е.Д., Новичкова Е.С., Казаков А.Е., Гельфанд М.С., Аркин А.П., Миронов А.А., Дубчак И. (июль 2010 г.). «RegPredict: интегрированная система для вывода регулонов у прокариот с использованием подхода сравнительной геномики». Исследования нуклеиновых кислот. 38 (Выпуск веб-сервера): W299–307. Дои:10.1093 / nar / gkq531. ЧВК  2896116. PMID  20542910.
14. Gama-Castro S, Salgado H, Peralta-Gil M, Santos-Zavaleta A, Muñiz-Rascado L, Solano-Lira H, Jimenez-Jacinto V, Weiss V, García-Sotelo JS, López-Fuentes A, Porrón-Sotelo L , Alquicira-Hernández S, Medina-Rivera A, Martínez-Flores I, Alquicira-Hernández K, Martínez-Adame R, Bonavides-Martínez C, Miranda-Ríos J, Huerta AM, Mendoza-Vargas A, Collado-Torres L, Taboza-Vargas A, Collado-Torres L. B, Вега-Альварадо Л., Ольвера М., Ольвера Л., Гранде Р., Моретт Е., Колладо-Видес Дж. (Январь 2011 г.). «RegulonDB версии 7.0: регуляция транскрипции Escherichia coli K-12, интегрированная в единицы генетического сенсорного ответа (Gensor Units)». Исследования нуклеиновых кислот. 39 (Выпуск базы данных): D98–105. Дои:10.1093 / нар / gkq1110. ЧВК  3013702. PMID  21051347.
15. Бейли Т.Л., Элкан С. (1994). «Подбор модели смеси путем максимизации ожиданий для обнаружения мотивов в биополимерах». Труды Второй Международной конференции по интеллектуальным системам для молекулярной биологии. AAAI Press, Менло-Парк, Калифорния: 28–36.
16. Гупта С, Стаматояннопулос Ж.А., Бейли Т.Л., Благородный WS (2007). «Количественная оценка сходства между мотивами». Геномная биология. 8 (2): R24. Дои:10.1186 / gb-2007-8-2-r24. ЧВК  1852410. PMID  17324271.
17. Vinayagam A, del Val C, Schubert F, Eils R, Glatting KH, Suhai S, König R (март 2006 г.). «GOPET: инструмент для автоматического предсказания терминов генной онтологии». BMC Bioinformatics. 7: 161. Дои:10.1186/1471-2105-7-161. ЧВК  1434778. PMID  16549020.
18. Конеса А., Гетц С., Гарсия-Гомес Дж. М., Терол Дж., Талон М., Роблес М. (сентябрь 2005 г.). «Blast2GO: универсальный инструмент для аннотации, визуализации и анализа в исследованиях функциональной геномики». Биоинформатика. 21 (18): 3674–6. Дои:10.1093 / биоинформатика / bti610. PMID  16081474.
19. дель Валь С., Эрнст П., Фалькенхан М., Фладерер С., Глаттинг К. Х., Сухай С., Хотц-Вагенблатт А. (июль 2007 г.). «ProtSweep, 2Dsweep и DomainSweep: пакет для анализа белков в DKFZ». Исследования нуклеиновых кислот. 35 (Выпуск веб-сервера): W444–50. Дои:10.1093 / нар / гкм364. ЧВК  1933246. PMID  17526514.